斯科普里位于巴尔干半岛中部，马其顿北部的斯科普里地区，约位于贝尔格莱德和雅典两城市连线的中点位置。瓦尔达尔河的源头位于戈斯蒂瓦的附近，流经斯科普里之后再经过马其顿南部达到马其顿和希腊的国境，最后流入爱琴海。瓦尔达尔河谷几乎都由丘陵和山地构成。斯科普里市区东西宽23公里，南北长9公里。平均海拔有225米。斯科普里市区面积有1,854平方公里。 斯科普里的城市规划在过去颇不严谨，其结果使得在1963年的斯科普里地震中，市区的80%被破壊。斯科普里市中心以瓦尔达尔河为界，分为两个行政区。河北岸是赛尔地区，斯科普里旧巴扎就位于这里，是斯科普里的旧市区。南岸是辛塔尔，有众多的现代建筑，是斯科普里市区的中心。

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