680年日本天武天皇为了祈求皇后病体早日康复，在藤原京建造了以药师如来为本尊的寺院。天武天皇却不幸去世，继位的天皇继续建造寺院，大约于698年建造完成。后因迁都平城京，寺院迁置此地。药师寺在朝廷迁都平安京后，就被废弃而逐渐荒芜，金堂内供奉的本尊药师如来和十二神像均是奈良时代的佛教美术作品。

    药师寺以"龙宫" 的金堂为中心，建有东西双塔、讲堂、回廊等众多建筑。又因日本历史上火灾和战火，除东塔和东院堂以外，其它建筑都几乎消失了。现今建筑大多为后期重建， 但因保存了很多珍贵的文化财产，于1998年，以古奈良的历史遗迹列入世界遗产名单之中。

     大讲堂面宽41米，深20米，高17米，是药师寺内占地面积最大的建筑。在南都佛教时代，寺庙更侧重于佛法教学。大讲堂内需要同时能容纳人数众多的学僧。

    大讲堂内供奉弥勒三尊像，后堂保存日本最古老的佛足石和佛足迹歌碑，在佛足石两侧还安置有释迦十大弟子像。

    目前东塔处于解体改修中，要等到2020年6月才能重新开放。东塔是唯一留下来的药师寺创建时期的建筑物，被指定为国宝。药师寺东塔在每重大屋顶下都有略小一圈的单坡屋顶，远看就像充满律动感的六重塔，被称为停止的音乐美。塔顶尖有四面火焰形装饰，刻有24个飞天浮雕。

     西塔毁于1528年的战火，重建于1981年。西塔屋顶和窗户设计和东塔略有不同，为了两百年后东西两塔能够保持同样高度，重建的西塔略高于东塔。

     玄奘三藏院伽蓝与白凤伽蓝区域仅一条路之隔。1991年，作为新殿堂的玄奘三藏院伽蓝建造完成。玄奘三藏院供奉玄奘顶骨和坐像。1942年，侵华日军在南京发现了玄奘三藏的顶骨。1943年2月3日的《国民日报》率先披露日军盗挖唐僧舍利后，引起中国民众强烈不满，纷纷发出要求归还的呼声。后玄奘顶骨舍利在“分送典礼”上被分成三份，南京、北京和日本各得一份——即一份于1944年10月10日在南京玄武湖畔九华山建塔供奉；一份由北平佛教界迎至北平供奉；而被日本人分出的一份，分供于东京的慈恩寺和奈良的药师寺。

     日本药师寺重修的中门。是继西塔重建后，于1984年复原。两侧各有一尊二天王像。

     平成1991复原两天王像、享禄元年1582与二门一起烧毁。昭和1984写经用布施中门复兴。

   穿过药师寺南门，朱红色中门映入眼帘。跨过中门，气势恢宏的药师寺式伽蓝展现在眼前。

   享禄元年1528年西塔被战火烧毁。烧掉之后，丰臣家的正殿的着手而建，金堂重建因历代药师寺住持来诉说悲壮中的誓愿，故昭和1976年4月白凤时代真正复兴。

    东塔正在大修，西塔已经修缮完工。东塔收藏经典称为经塔，西塔收藏释迦遗骨被称为舍利塔。金堂是寺内最宏大的建筑，二重二阁，五间四面，双重歇山式屋顶。是药师寺的象征。

    被誉为龙宫的金堂坐落在寺中心，东西两塔镇守在金堂两侧，大讲堂位于金堂背后。

    朱红色西塔和历经岁月洗礼的东塔形成鲜明对比，成为药师寺内显著标志。西塔毁于1528年的战火，是昭和1981复兴。

      大讲堂面宽41米，深20米，高17米，是药师寺内占地面积最大的建筑。在南都佛教时代，寺庙更侧重于佛法教学。大讲堂内需要同时能容纳人数众多的学僧。

    三藏法师是对精通佛教圣典中之经、律、论三藏者的尊称。又称三藏比丘、三藏圣师,或略称三藏。在中国,对来自印度、西域的佛典进行汉译的僧侣,常尊为译经三藏或三藏法。

     药师寺是法相宗大本山，法相宗开山是慈恩大师。他是玄奘徒弟，所以药师寺将玄奘奉为始祖。

     三十多年前药师寺要修建玄奘三藏院，请求日本著名画家平山郁夫制作壁画。平山表示无需任何费用，自己制作完成后献上。

     1988年在玄奘三藏院伽蓝院落成的法会上，中国佛教协会赵朴初会长携夫人莅临访问，并亲自为自己题写的“玄奘三藏院”额匾举行揭幕仪式。