目前，已命名的原生动物大约有65000种。其中，约半数为化石种，约10 000为寄生种。现生种类中，包括了250种寄生和11 300 种自由生活的肉足虫（其中有孔虫Foraminife rida4600种）、1800种寄生和5100种自由生活的鞭毛虫、5600种寄生孢子虫、2500种寄生和4700种自由生活的纤毛虫。按最新的分类（Levine et al．，1980）系统，原生动物是一个亚界。在传统分类系统（分成动、植物两界）中，原生动物属于动物界的一个亚界，在现代分类（分成4或更多界，最普遍接受的是5界Monera，Protista，Plantae．Fungi，Animalia）中，原生动物则作为原生生物界（Protista）的一个亚界。不管在哪一个分类系统中，原生动物的各主要类群均划分为门。原生动物亚界共分为肉足虫鞭毛虫门（Sarcomastigophora）、盘蜷虫门（Labyrinthomorpha）、顶复合器门（ Apicomplexa）、微孢子虫门（Microspora）、奇异孢子门（Ascetospor）、（Myxozoa）和纤毛虫门（Ciliophora）等7个门。顶复合器门、微孢子虫门、奇异孢子门、粘体虫门全部为寄生生活的，盘蜷虫门寄生或腐生在海产藻类上。淡水中，自由生活的类群主要是肉足虫鞭毛虫门和纤毛虫门的种类，在各种水体和土壤中相当丰富。与其它生物类群相比，淡水和海洋原生动物群落间的差别没有那么显著。但两主要类群，放射虫和有孔虫，淡水中没有。而淡水中相当丰富的有壳肉足虫海洋中则没有。其它的原生动物类群在淡水和海洋间差别不大。往往类似的有时基至是相同的种类占据着淡水和海洋中相同的生态位。不过，与海洋群落相比，淡水原生动物在不同生境中种类组成差异不太明显。