上呼吸道或下呼吸道过敏性炎症的发展与特应性个体接触特殊的变应原有关。季节性变应原，如草或树木花粉，能引起间歇性症状，即间歇性/季节性变应性鼻结膜炎。而常年存在的变应原，例如动物皮毛和屋尘螨，更易引起哮喘和/或鼻炎的持续症状。

在某种程度上，变应原的致敏性可能和变应原颗粒的大小有关，因为花粉通常直径约5微米大小，非常容易被上呼吸道的屏障所过滤，所以花粉过敏以上呼吸道症状为主，当患者出现鼻塞而改用口腔呼吸时，由于避开了上呼吸道的滤过功能，因此就可导致下呼吸道的症状，由于屋尘螨和宠物变应原较小（直径约1微米）因此容易进入下呼吸道而诱发哮喘。

鼻和支气管粘膜的炎症在过敏性鼻炎和哮喘的发病机理中起关键性的作用。虽然在过敏性鼻炎和哮喘中存在不同的炎症指标，但上呼吸道和下呼吸道的过敏性炎症有着相似的炎症细胞渗出，免疫病理学已经证实在上、下呼吸道的慢性过敏性炎症是相似的，均有Th2细胞、肥大/嗜碱细胞、嗜酸性粒细胞以及免疫球蛋白之一的IgE参与，参与的细胞因子如IL-4、 IL-5、IL-13、RANTES和GM-CSF、炎性化学介质。

对吸入性过敏原后的全身免疫学反应，在过敏性鼻炎和哮喘是一致的。其共同点，一是可通过外周血嗜酸粒细胞增多，二是血液中存在着嗜酸细胞、肥大/嗜碱细胞的祖细胞来证实，三是多形核细胞（PMBC）对特异性变应原的反应，四是与健康个体相比，过敏性鼻炎哮喘综合征（CARAS）患者的PMBC 产生的IL-4产生增多和γ-干扰素减少。