梭形细胞肿瘤主要是以梭形细胞为主，可发生在肺等任何脏腑、器官或组织，形态学表现可以是癌也可以是瘤。如发生在上皮组织(如梭形细胞癌、梭形细胞鳞癌),也可以发生在间叶组织(如梭形细胞肉瘤,梭形细胞间质肉瘤)。

肺部等梭形细胞肿瘤，形态表现复杂,多类似肉瘤,或伴有形似肉瘤的间质成份,免疫表型既可表现为癌,也可表现为肉瘤,或表现为癌肉瘤结构等的一类肿瘤。该病变较难直接检查，需多方面的检测如免疫组织化学标记等。

上皮性梭形细胞肿瘤中，梭形细胞癌有时由于非上皮性标记物表达,较易误诊为肉瘤。间叶组织的梭形细胞肿瘤有时细胞角蛋白表达,需与上皮来源的癌进行鉴别。梭形细胞癌肉瘤，有时单靠细胞角蛋白表达易误诊为癌。需结合临床,病变部位,组织形态学特征,综合分析才能明确诊断。

恶性中胚叶混合瘤与子宫内膜间质肉瘤，由梭形细胞构成的恶性中胚叶混合瘤(癌肉瘤)与子宫肉膜间质肉瘤,免疫组化角蛋白与波形蛋白都可表达,应注意鉴别。胃肠道或胃肠道外间质肿瘤,瘤细胞形态主要为梭形细胞,上皮样细胞或混合细胞形式出现。胃肠梭形细胞肿瘤易被误诊为GIST（胃肠间质瘤）。