目前，已有不少机构给出沪港通套利策略选择。申银万国报告认为，投资者可以利用A-H价差套利，对冲行业风险。例如当前可以通过租用QFII\RQFII的额度（有一定租用成本）对A股折价较多的股票买入，卖出H股相应标的，规避行业风险，反之亦然。但A股的缺陷在于融券远远难于港股。
　　利用交易时间差异套利，应先弄清港股通交易时间。港股通交易时段中，9:00至9:30为开市前时段，9:30至12:00为上午持续交易时段、13:00至16:00为下午持续交易时段。分析人士认为，利用A股最后十几分钟的异动较大的股票所反映出来的“增量信号”在港股接下来的1个小时进行集中反映，A股也能通过港股的反映对第二天开盘的情况进行预测，寻找套利机会。
　　除双方因节假日安排、每日交易时间安排造成的交易时间差异外，投资者还必须关注“共同交易日且能够满足结算安排”概念。申银万国证券分析师王胜表示，所谓“共同交易日”，举例来说，投资者可能会发现，当香港市场因圣诞节休市时，港股通无法交易；当内地休假沪市休市，而香港市场照常开市时，港股通同样是无法交易的。也就是说，沪港通的交易日必须安排在两地交易所的“共同交易日”。
　　“H股没有涨跌停板，A股有严格的涨跌停板；H股为T+0，A股为T+1，”这些制度差异对于两市的单个投资者而言，可能存在更多的套利空间，也可能加快A股部分市值较大股票的T+0制度的进程。分析人士表示，当同一个公司出现A股涨停，H股由于不存在涨跌停板，能够更有效反映市场短期的情绪变化，对于A股后面几天的操作会有一定指导意义，但要谨防市场操纵者的博弈行为。 (中国证券报 )