had gone, 表示某人去了某地，还没回来。



had been gone, 表示某人已经去世或是离开很久很久了。



例：



He ate the apple before he had gone to school. 他去学校前就吃了那个苹果了。（意思是他还在学校。）



He had been gone for a year. 他消失/他去世整整一年了。（一般用于感叹的语气。）