循证医学的核心思想是在医疗决策中将临床证据、个人经验与患者的实际状况和意愿三者相结合;临床证据主要来自大样本的随机对照临床试验(randomized controlled trial，RCT)和系统性评价(systematic review)或荟萃分析(meta-analysis)。

在传统医学的模式下医师详细询问病史、系统作体检，进行各种实验室检查，力求从中找到有用的证据——阳性发现；医师试验性地应用治疗药物，观察病情的变化，药物的各种反应，从而获取评价治疗方法是否有效，是否可行的证据。利用这些证据，临床医师可以评估自己的处理是否恰当。如果效果不理想，则不断修正自己的处理方案。在实践中临床医师从正反两方面的经历中逐渐积累起临床经验，掌握了临床处理各种状况的方法和能力。这种实践仍然应该受到鼓励，这种个人的经验仍然值得重视，但此种实践存在局限性，不可能满足现在的临床活动的需求，因为它所反映的往往只是个人或少数人的临床活动，容易造成偏差，以偏概全。

循证医学不同于传统医学。传统医学是以经验医学为主，即根据非实验性的临床经验、临床资料和对疾病基础知识的理解来诊治病人。循证医学并非要取代临床技能、临床经验、临床资料和医学专业知识，它只是强调任何医疗决策应建立在最佳科学研究证据基础上。