谈到医学理念，他说：“我的医学理念，既不是现代西医。又有别于传统中医，其区别主要在于对人体观察的视角不一样，是一种新的眼光，可谓奇正相生。西医理论建立在解剖和化学基础之上，传统中医建立在阴阳五行学说基础之上，而我从小先是有了师承，后又分别就读于中医药学院和北师大天文系，两门学科相互交叉，互相渗透，使我步入到边缘学科的研究领域里，从而对人体对疾病的认识上形成了新的观念，继承了传统中医的“通”字，又融入了现代自然科学的理念，从物理、力学这一新的独特视角来诠释人体，诠释疾病。这更贴近客观的人体和疾病的真相。医生医治的对象是活着的人，而不是尸体，活着的人始终处于动态之中，若从物理运动的眼光去观察人体，人体就如同一部完整的机器一样，更形象地说，就像一部现代的汽车，汽车有油路、电路、水路，人体也具有上下、内外、循环的各种各样的通道。循环顺畅，五脏六腑在机体内部才能保持良好的运动状态，才能和谐的运转，这就是无病的状态。机体之所以有病，都是因为循环的内部空间有了障碍，从本质上讲，任何疾病都是因为上下不能贯通，上下贯通则无病。怎样才能保持机体内部循环通畅呢？首先是一个“顺”字，顺则通，不顺很难畅通。那么引起不顺的原因又是哪些呢？机体自身内部物质的拴赛是一个主要问题。目前，人类才仅仅认识到血栓的问题。其实血栓只是一个很窄的方面，除了血栓之外，还有更主要的方面，如：气、水、痰、宿便，这些物质造成的栓塞是多方面的。这些栓塞，造成了憋堵，由于憋堵加大了内部空间的压力（张力），这些压力都会对五脏六腑形成挤压，形成扭力，甚至使脏腑的运动空间产生形变，血管也会造成痉挛。如心脏跳动的空间被挤，或者心血管产生痉挛，西医测定的心脏搏动的曲线必然是异常的。这只是一个表象，其疾病的真象在这里。这是内力造成的原因，除此，人体也会受到外力，如碰撞、跌闪，这些外力都会造成人体内外的形变，不仅造成筋骨的异位变形，也会使人体内部空间循环管道变异，这就是由外及里的道理。当然，内部的压力也会导致外部筋骨的异常，如：有些颈椎病以及全身各部关节肿胀疼痛等病，许多情况是由内部原因引起，这就是由内及外的道理……

人们很注重生活环境的治理，但人体内部环境的治理由谁来管呢？人们往往忽视了这个方面，基于以上理念，我们必须强调人体内部环境的治理，而人体内部环境的治理，对于人类所面临的高血压、心脏病以及亚健康等医学难题的解决有着实际意义。治理人体内环境一是要调顺人体各个循环管道，二是要清除体内垃圾，解除各种各样的栓塞，恢复人体内部的无障的物理环境，使得五脏六腑在体内和谐的运转，机体才能充满活力，为了修理人体的内外形变，我将传统的针灸发展到针术，针术即有手术调整之意，针术不同于针灸，针灸是穴位处下针，针术是针对问题，病处下针，直捣病所，拨乱反正，铲除病患。为了攻克疑难病。我又将手法、针法、融为一体，合而攻病，各展其力。在诊病上，与传统的中医也有所不同，传统的中医只限于寸口诊脉，而我把这种诊法延至全身，因为人体之脉周身无处不有，我运用物理学的应力概念，创造了物理力学手诊。从而达到下手即知病源所在为奇，在疗效上，也达到疗效迅捷为奇，我的医学观念，可用四句话来表述：“应症而去，人身整体，通调调通，症除病去”。

他的医学理念看似简单，但不要认为简单的东西就不科学，往往许多问题在没有抓到事物本质时就繁杂，一旦抓住了事物的本质，一切就变得简单。这就是大道至简、至深、至易的含意。有许多疾病，其本来是简单的，只是因为我们头脑里主观的东西太多，人为的把它想像的复杂化，简单的东西好解决，复杂的问题就难办，结果，本来不难医治的疾病成了疑难病。遇到疑难病时，只想到它难治的一面，没有想到转变一下思维、观念。

西医比较强调微观，许多结论在显微镜下得出，把人体分得很细。而刘合群更强调人体的宏观控制，不孤立地看待一病一症，局部问题也要从整体着眼，给予系统调治。