“千岛湖的水为什么如此清澈透亮？”这个问题让许多到过千岛湖的人不得其解。千岛湖区封山育林30多万亩，植被良好，水土流失很少，特别是从上个世纪90年代中期以来，淳安县先后关停并转移了造纸、化工等几十家污染企业，全面加强了城区和景点生活污水处理。在老污染得到全面整治的同时，又实行了“三个绝不”控制新污染：绝不在招商引资中降低环保门槛；绝不在产业结构调整时接受污染的转移；绝不以牺牲环境为代价来换取一时的发展。淳安人呵护这一湖秀水就像爱护自己的眼睛一样。千岛湖的鱼也是千岛湖水保持至清至纯的大功臣。鲢、鳙鱼是湖中的“清洁工”，它们喜欢以藻类为食，能起到净化水质的作用。按照目前千岛湖60万亩的水域面积，水质要达到可以直接饮用的标准，必须在库区里保持440万公斤以上的鲢、鳙鱼资源蕴藏量。因此，千岛湖对鲢、鳙鱼的捕捞采取限额，同时，每年都要向湖中投放50万公斤以上的增殖鱼苗，这在全国内陆湖泊当中是非常少见的。千岛湖能常年保持一级水体也有它自身的因素。原来，千岛湖湖水的自净能力也相当的强。千岛湖平均水深34米，部分深的地方达到了40—50米，在水下10米有一个温跃层，水温常年维持在10℃左右，由于水温下面低上面高，就不容易形成对流，因此就有较好的沉淀功能，湖底的淤泥就不容易泛起。另外，千岛湖湖水的溶解氧含量也比较高，有利于有机化合物进行生物降解。