果蝇虽然也有X和Y染色体，但是其性别决定的机制和哺乳动物不同，不是取决于Y染色体是否存在，而是取决于性指数（sex index），即性染色体（X）和常染色体组数A的比。其分子机制已研究得比较清楚，线虫（C.elegans） 也是由性指数来决定的性别的。现在我们通过人类与果蝇性别决定的比较（见右图）就可以认识到果蝇性别决定的特点，其Y染色体并不是决定雄性的发育，现在已 弄清果蝇的性别决定是由性染色体上的一些基因的产物和常染色体上另一些基因产物的剂量比例来启动性别决定的开关基因，经过一系列的调控，来决定性别的分 化。