新中国成立以来，淮河下游防洪、排洪工程经过了三次大规模的治理：1950年淮河水灾严重。8月1日，中共皖北区党委书记曾希圣等致电华东局、华东军政委员会并转中央，报告皖北灾情及救生工作意见。电报中说，“今年水势之大，受灾之惨，不仅重于去年，且为百年来所未有。1950年9月，水利部召开第一次治淮会议后，国家水利部、华东水利部和淮河水利工程总局组织入海水道查勘团赴苏北实地查勘。

1951年5月3日，毛泽东主席为治淮题词：“一定要把淮河修好。”1951年7月26日至8月10日，中央水利部在北京召开第二次治淮会议.

1954年5月下旬，淮河流域发生了一次大范围降雨，致使淮河干支河道水位上涨，超过了一般年份的汛前水位。1954年7月10日，召开治淮委员会第三次全体委员会议，着重研究入海水道是否需要开辟等问题。

1975年8月，河南淮河上游发生758特大洪水，淮河流域人民要求开辟入海水道工程的呼声再起。1976年5月，水利部召开治淮规划预备会议，总结了治淮经验教训，决定淮河下游立即开辟入海水道。

1991年江淮大水后，彻底暴露了淮河洪水通过入江水道长江下游洪水、通过分淮入沂水道与泗沂沭洪水相遇并涨，洪泽湖没有可靠排洪途径的问题。开辟淮河入海水道，扩大淮河洪水出路，提高洪泽湖防洪标准是一项极其紧迫的任务。1998年10月28日，淮河入海水道工程开工典礼在淮安市城东乡炮刘村隆重举行。

2003年6-7月间淮河中上游连日暴雨，全流域遭遇大洪水，洪泽湖水位不断猛涨，形势十分危急。7月4日国家防总下达紧急命令，当夜必须启用入海水道。淮河入海水道主体工程刚刚完工6天就紧急启用。江苏省委书记李源潮同志紧急批示：顾全大局，提前泄洪，严防死守，科学调度，确保安全。经过7个小时的顽强拼搏，精心准备，是日23时48分，入海水道二河新闸开闸行洪，最大行洪流量1870立方米每秒，连续泄洪33天，泄洪总量43.8亿立方米，洪泽湖周边200多万亩圩区没有滞洪，避免了洪泽湖周边滞洪区30万人大转移，为抗洪胜利发挥了关键作用。工程当年建成，当年就发挥巨大效益，减灾效益达27.68亿元，一次行洪效益相当于收回工程总投资的三分之二。

2006年10月21日，淮河入海水道工程全面建成，通过水利部和江苏省人民政府共同主持的竣工验收。