基于问题的学习和基于项目的学习，首先在形式上具有共同性，也是最容易被混淆的两个概念，因为二者的英文缩写都是PBL。
其次，二者有着共同的理论基础，都是建构主义的实践模式。从知识观来看，都强调学生在团队合作的过程中，通过对真实情境中的问题或项目进行积极的探究，实现对知识的主动建构；从学生观来看，都主张以学生为中心，以使学生实现自主学习为目标；从教师观来看，都反对传统的传授式或命令式教学，而倡导教师对学生的学习过程实施积极的指导与促进作用。
二者的不同之处主要有：
一是问题和项目涉及的范围不同。基于问题的学习所涉及的问题虽然指向真实的情境，但更加侧重于促进学生对所学知识的理解和建构及在未来职业生涯中的运用。而基于项目的学习所说的项目则更加宽泛，它涉及学校教材之外的、能给学生带来各种不同经历或体验的许多内容，诸如环保、交通、社区方面问题的调研，甚至制作一个纸面具或一付雕塑作品、做一项科学实验等等，并且任何一个项目都有这样的特点：学生自主的、与现实密切联系的、信息来源于多种资源、以研究为基础、嵌入了知识与技能、解决需要较长时间、最终得出的成果与成人的成果模式相似等等。
二是两种学习的教学操作模式不同。基于问题的学习的过程包括组织小组、开始一个新的问题、后续行动、活动汇报和问题后的反思。基于项目的学习虽然没有一套共同遵循的程序，但其大体的过程基本都是通过对项目的深入认识，最终进入成人世界或现实的社会生活情境去实践和体验整个过程，并在这个过程中学习相应的知识和技能。
三是两者在具体教学实践中运用的领域不同。基于问题的学习大多用于具体学科领域的教学；而基于项目的学习则以跨学科的学习为主，并且特别强调通过现实生活事件（项目）的体验学习相应的知识和技能。
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