敦煌市博物馆基本陈列展览整体布局分一序厅和五个展厅。第一展厅两汉敦煌的大发展，第二展厅魏晋南北朝敦煌的继续发展，第三展厅隋唐时期敦煌的繁盛，第四展厅吐蕃与五代及宋、元、明时期，第五展厅清代对敦煌的开发。