为在黑龙江中上游以北的广大地区建立起巩固的统治，皇太极于崇德四年至五年(1639-1640)发动了征服索伦部的战争，最终统一了索伦诸部，派军队在黑龙江北岸的索伦村屯驻守，将鄂温克部落以氏族为单位编成佐，任命氏族酋长为章京(佐领)，并规定了索伦部众按时向盛京纳贡的义务。每个鄂温克男丁，都要交纳貂皮一张作为贡赋。通过这一系列的措施，清朝在黑龙江以北索伦部的广大地区建立起有效的统治。

顺治年间，鄂温克人南迁到嫩江流域，理藩院任命达如汉布勒、扎木苏等人为首领，授予副都统印信，直接管辖鄂温克等族事宜。雍正十年(1732)，清政府将布特哈(满语，意为打牲)的5个阿巴(围场)和3个扎兰(满语，连或队之意)的达斡尔、鄂温克、鄂伦春壮丁规定了旗色，编成了布特哈八旗。

1790年杜尔伯特太吉率三氏蒙古族厄鲁特部迁锡尼河流域，也被编入索伦八旗。1928年建厄鲁特旗。1917~1928年间苏联境内的部分蒙古族布利亚特部迁至伊敏河、锡尼河一带，于1921年建布利亚特旗。1932年将索伦八旗、布利亚特旗、厄鲁特旗合并建索伦旗。1958年改鄂温克族自治旗。

1997年，鄂温克族自治旗面积1 911平方千米，人口14万，其中鄂温克族0.9万，达斡尔族1.5万，蒙古族2.2万。辖3镇1矿区7苏木1民族乡:巴彦托海镇、伊敏镇、红花尔基镇、大雁矿区、伊敏苏木、阿尔山诺尔苏木、辉苏木、巴彦嵯岗苏木、锡尼河西苏木、锡尼很东苏木、孟根楚鲁苏木、巴彦塔拉达斡尔民族乡。旗政府驻巴彦托海镇。