健康和即将死亡的细胞内均可见自噬囊泡的存在。在神经变性疾病中，有时在将要死亡的细胞内可以见到囊泡的数目显著增多，从而形成目前颇为盛行的概念，即自噬能够导致神经变性。自噬性细胞死亡则被认为是一种替代的半胱天冬酶依赖的非凋亡性程序性细胞死亡，在半胱天冬酶抑制剂存在的情况下，自噬能够发生或被诱导。这个特征可能相当简单，有几个报道提示这些进程是同时发生的。可能是在某些细胞死亡的过程中存在着信号的诱导，从而导致自噬体形成的数量增加，细胞死亡的完成是否需要增加自噬-溶酶体介导的蛋白清除，或者自噬增多是伴随细胞死亡的附带现象，目前尚不清楚。