赛里木湖景区共划分为环湖风光游览区域、草原游牧风情区域、生态景观保育区、天鹅及其他珍稀鸟类栖息地保护区、旅游综合服务区、原生态环境保持区等6个功能区。确定了赛里木湖中央核心部位水体、西海天鹅湿地草甸水体栖息地、查干郭勒冰雪生态探险景区3块特级保护区。