北京钟鼓楼始建于元代至元九年（即公元1272年），当时位置处于在大都城（即今北京）的中心，后毁于火，元成宗大德元年（公元1297年）重建之后又毁于火。明永乐十八年（公元1420年）重建钟鼓楼，并确立了其位于都城南北中轴线北端的地位。后相继毁于火。嘉靖十八年（1539年）鼓楼遭雷击起火，第三次重修。清乾隆十年（1745年）再次重建钟楼。钟鼓楼在清代历经修复，目前所见到的鼓楼建于明代，钟楼则建于清代。1932年和1941年前后，为保护建筑并有效地利用，对钟鼓楼进行了不同规模的修缮。1984年国家拨款对钟鼓楼进行大规模的修缮，1986年成立钟鼓楼文物保管所，负责该文物建筑的保护管理与利用。

随着历史的发展，钟鼓楼的功能也在不断地发生变化。在元、明、清三朝，钟鼓楼作为古都的报时中心，鼓楼置鼓，钟楼悬钟，"晨钟暮鼓"循律韵通。昔日文武百官上朝，百姓生息劳作均以此为度。过去，钟、鼓楼的报时之职由清宫銮仪卫承担，1924年清朝最后一个皇帝溥仪离开紫禁城后，钟鼓楼便失去了报时功能。民国十三年（1924），为使民众勿忘八国联军侵入北京的国耻，鼓楼易名为“明耻楼”，后恢复原称“齐政楼”。民国十四年（1925年）在鼓楼成立了“京兆通俗教育馆”，随后钟楼开设民众电影院，至此钟鼓楼开始向民众教育功能转变。1957年，钟鼓楼被列为第一批市级文物保护单位。1984年钟鼓楼进行建国后的首次大规模修葺，1987年鼓楼对外开放，1989年钟楼开始接待游客参观。1996年，钟鼓楼被列为全国重点文物保护单位。