1、一些中药含有天然毒素。有不少含天然毒素的中药，都是借加热炮制去其部分毒性，炮制过火，药效尽失；加温不足，则毒素犹存。例如治咳嗽和支气管炎的“款冬”，无论是花、叶、根，都含致癌成分，大量久服后会得肝癌。中药的致癌毒性属于慢性毒，几十年后癌症才会形成，中医本草都把款冬说成是无毒的草药，目前西医能把草药里的致癌成分检查出来。又如“商陆根”，含损胃肠、中枢神经和心脏的毒素，可致人于死地。

2、一些中药含过量重金属。中药里的重金属如铅、砷、汞等均来自受污染的土壤，久服后会损伤神经、肾脏和其他器官。需要注意，很多重金属盐和氧化物都是有效的中药，例如砒霜。

3、致畸胎作用。中药还有很多成分不明，为了避免致畸胎作用，孕妇应忌用中药。

4、免疫损伤。胸腺是人体生产免疫细胞以捕杀癌细胞和入侵人体的细菌、霉菌和病毒的腺体近来发现柴胡和薏苡仁使胸腺萎缩，免疫力下降。

总之，“是药三分毒”，中药和西药一样，同样有毒副作用，而且由于许多中药毒性不明，更应该谨慎使用。