百字明的功德主要是消减罪障，就像洗澡可以洗净身体，百字明咒则可洗净我们的罪障，让我们得到更纯净的力量。

「百字明咒」具足了无边的力量，但念诵的人若没有信心和菩提心的话，那么这咒语的力量就非常的难以得到成就。如果你想要让念诵咒语的力量实现的话，就得如法的去修习。密经里谈到：有可能虚空会消逝，密咒的成就却永远不会消失。

金刚萨埵百字明是所有医治门中最值得赞美的，因为它能清除所有此类恶业。阿底峡尊者说:‘正如刚刚洗净的曼达盘，若放在灰尘很多的地方，就会立即又蒙上尘土；同样地，许多对真言乘誓约的轻犯，会经常突然发生。’如果你因此失望而问:‘菩提道成为我的一部分的那一时刻永远不会到来吗？’答案是:真言乘使用多种善巧方便。虽然你犯了不少违背真言乘的轻罪，可是只要你在一刹那之间使用这些善巧方便之一，就能把你所有的轻罪消除尽净！