清代衙门的设置体现了独特的民族及时代特征。就其对前朝所设衙门而言，有的进行改造，有的不再设置，其间变化也很大。如明朝的宦官二十四衙门，清朝吸取了宦官为害的教训，将其裁汰精简，并入内务府之中。而内务府堪称是清朝第一大衙门，仅职官就有3000多人，与事务最繁的户部相比，职官设置是后者的十几倍，如果加上匠役、军丁、太监等人，内务府有上万人之多。除本府设置广储司等13个衙门管理宫禁事务外，其分属机构就多达四十几个，这些分建衙门，全部铸给关防印信，由总管大臣统辖，人们熟知的“江南三织造”

　　清代是跨越从传统向近代转型的时代，衙门设置也体现了这一点。第二次鸦片战争后，为办理外交等事务，设立总理各国事务衙门（简称“总理衙门”）。到了晚清实行官制改革，衙门裁撤、新设、合并，变化更大。陆续新设的衙门有民政部、商部、巡警部、学部、大理院、资政院等。裁撤的衙门有詹事府、通政使司等。改组、合并的衙门更为纷杂。

　　作为亲民的州县衙门而言，有相当多的州县佐贰官，如县丞、主簿、训导等，各自有独立的衙署，因而从职能上看，佐贰衙门是州县衙门的重要组成部分，但相对独立，不是严格意义的附属机构。

　　因此，考虑到以上这些因素，要确切统计清代衙门有多少并非易事。根据光绪《大清会典》及《清史稿·地理志》等统计，至清末全国仅省、道、府、县四级主要行政机构设置的衙门就有2200多个，如果包括专属衙门及各分支衙门、佐贰衙门，清代地方衙门总数当不少于3000个。平均每个省有130多个衙门，一个县有2个以上衙门。因此，清代堪称是衙门泛滥的时期之一。

　　民众负担何其重

　　衙门越多，民众的负担就越重，所受到的侵扰就越厉害，所谓官多扰民，自古已然。

　　顾炎武在《日知录》卷八中曾说过：“小官多者，其世盛；大官多者，其世衰。”大官都是“治官之官”，这类官一多，不但耗糜国家财富，浚削民膏民脂，而且官员之间互相推诿，小则降低行政效率，大则影响国计民生。唐甄在《潜书》中指出，官越大，越不亲民，因而“天下之官皆弃民之官，天下之事皆弃民之事”。而小官都是“治民之官”，这类官一多，国家就能得到治理，正如唐甄所说：“天下之官皆养民之官，天下之事皆养民之事”，匹夫匹妇才能各得其所。与以往朝代相比，清代的大衙门多、高官多，堪称一大特点。按照嘉庆《大清会典》核定的内外文武官员数目，除去编检、庶吉士、侍卫，以及准、回等部官员不计外，清朝额定官员二万七千多员。咸同年间，冯桂芬指出，清代官员人数，“于古不为多，而大官之多，为汉以来所未有”，“不冗于小而冗于大，不冗于闲而冗于要，不冗于一二而冗于十百”。

　　按照中国古代行政机构设置即衙门统系而言，唐以前地方衙署实行郡（州）县二级制，唐设道，宋设路，但不是一级实体机构。元代设置行省，明朝改设三司，地方行政系统始成三级格局。清代在省、府之间设道台衙门，二司之上设总督、巡抚，行政系统演变为五级格局。因而从理论上讲，总督、巡抚、藩、臬等衙门都是省级衙门，道台，正四品，其衙门也属于大衙门。而作为从四品的知府在清代只能算做中级官员，这也难怪知府大人不安于位，遑遑于升发之途了。如果再加上漕运、河道、盐政等专署衙门，以及提督、总兵等武职衙门，那么，清代的大衙门之多就是不争的事实了。