一、野外调查和试验：是环境生物学研究的最基本方法，以自然环境为试验对象，采用生物监测手段，或结合文献查阅，取得第一手现场资料，对某污染环境进行监测和评价，并为实验室试验和模拟研究提供基本信息或资料。例：Kolkwiz 和Marsson的污水生物系统研究

二、实验室实验：实验室试验是环境生物学研究必不可少的方法，实验体系庞大，包括样品前处理、分析测试、结果评价。样品前处理主要包括驯养或栽培、提取、净化和浓缩等步骤，分析测试方法主要包括常规试验(方法比较传统、落后、比较经典)进行分析和测试、先进技术进行分析和测试。

例：化学污染物的毒性试验

三、模拟研究：根据研究目的，模拟研究有两种类型：

1、应用系统分析原理、近代数学方法和计算机技术建立数模，应用数模模拟污染生态系统的行为、特点和规律。

2、将野外调查和实验室实验结合起来进行的模拟生态系统研究。

例：微宇宙法