中世纪所有异端中，二元论一枝独秀，挑战基督教上帝的至高主权。敬拜上帝，敬拜一位全能全善的上帝的人们，需要面对恶的问题。二元论的群体，一再反复出现，主张宇宙中存在另一股力量，可以解释恶之存在，也从根本上削弱了基督教坚持认为他们的上帝全能全善的主张。这一主线始终贯穿基督教的异端史。

 



  












二元论的最初形式，诺斯替主义，存在于基督降生之前，但是在基督教早期仍然有强大的影响力。旧约中的上帝是物质世界的创造者，与耶稣所启示的那位爱的上帝截然不同。绝对的二元论者仍然使用新约。他们将旧约视为介绍恶上帝的作品，可能智慧书和先知书不包括在内。

摩尼教徒即3世纪波斯二元论者摩尼的跟随者，在奥古斯丁时代非常兴旺。摩尼教对奥古斯丁一度极具吸引力，把控他跟随其教导近十年之久。摩尼认为，人的灵魂是囚禁在物质身体内神性的火花。奥古斯丁挣扎着的压制肉体的个人经历就反映了这一点。

奥古斯丁的时代，基督教传统已形成了与二元论相适应的神学或牧养体系。

恶是上帝的缺席，是虚无。这是正统基督教信仰的唯一选择。如果存在的一切就是上帝，或者上帝所造，上帝是全善的，那么看上去宇宙中并没有恶存在的空间，然而，恶依然强大，极具破坏力。奥古斯丁的思想是——恶必然是对上帝的偏离，是理性受造物的意志破坏。

中世纪流通的部分二元论作品非常古老。以赛亚的异象——可以追溯到1世纪。7世纪拜占庭的一个二元论教派，即亚美尼亚的保罗派，是中世纪二元论的先驱。

魔法和巫术，与较为极端的异端实践，具有天然的姻亲关系。讲道、十字军、宗教裁判所……应对异端的措施。权力平衡。还有就是忍受差异——

16世纪西方的发展在基督教历史上并无先例。异议者变成了宗教改革者，并出现了一系列教会。自宗教改革以来，各教会持续存在，仍未达成共识。在新的环境下，“什么是教会”这个问题具有新的不确定性。

印刷术的发明以及同样具有神学知识和雄辩口才的重要人物的出现，促进了辩论文学的发展。16世界和17世纪，出现了大量的手册战。

宽容是17世纪的发明。洛克《宽容书简》的拉丁文版1689年匿名发行。