自交：指来自同一个体的雌雄配子的结合或具有相同基因型个体间的交配或来自同一无性繁殖系的个体间的交配。
   自由交配：是指群体中的雌雄个体随机交配

下面的讨论都不考虑遗传漂变的影响：
   自交种群的基因频率不改变，连续自交时，亲本的基因先分开进入配子，配子再结合成合子。整个过程各基因只是分分合合，频率不变。自交种群最终纯合子会越来越多，因而不符合哈迪温伯格遗传平衡定律。以Aa为例：
Aa自交后代中杂合子占1/2，那么，第一年杂合子为1/2，第二年为1/2*1/2=1/4，第三年为1/4*1/2=1/8，第四年为1/8*1 /2=1/16，第五年为1/16*1/2=1/32，第六年为1/32*1/2=1/64，则纯合子为1/2，3/4，7/8，15/16，31 /32，63/64。公式为1-（1/2）n 

    自由交配：这样的种群符合哈迪温伯格平衡，具体内容如下：
主要用于描述群体中等位基因频率以及基因型频率之间的关系。内容为：
  ①一个无穷大的群体在理想情况下进行随机交配，经过多代，仍可保持基因频率与基因型频率处于稳定的平衡状态[1]。
  ②在一对等位基因的情况下，基因p（显性）与基因q（隐形）的基因频率的关系为：
  （p+q）^2=1
  二项展开得：p^2+2pq+q^2=1
  可见，式中“p^2”为显性纯合子的比例，pq为杂合子的比例，“q^2”为隐形纯合子的比例。

综上：
自交不会改变基因频率，而等位基因的分布是：纯合子越来越多；
自由交配在种群足够大，经过多代基因频率保持不变：等位基因的分布满足上文的p^2：2pq：q^2的关系。