两对相对独立的等位基因控制两对相对性状，纯合体亲本杂交得到的F₁自交后代有四种表现型，比例为9:3:3:1。但如果这两对等位基因控制同一性状或相互影响的话，F₁自交后代的表现型和比例可能就会出现下面几种情况：

①  两种表现型，比例为15:1、13:3或9:7。

②  三种表现型，比列为12:3:1、9:6:1或9:4:3.

③  五种表现型,比例为1:4:6:4:1.

   不论是9:3:3:1，还是上面的七组数据,都具备一个共同的特点:和为16即4²也就是说，F₁产生的雌雄配子各有四种,满足AaBb产生配子时等位基因分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合的现象。事实上上述七种比值也是9:3:3:1的变形。下面我们以例子具体分析。

一、F₁自交后代有两种表现型

例1：蚕的黄色茧(A)对白色茧（a）是显性，抑制黄色出现的基因（B）对黄色出现基因（b）是显性。两对等位基因位于两对同源染色体上，现用杂合白色茧（AaBb）蚕相互交配，后代中白色茧对黄色茧的分离比是？

解析：F₁                  AaBb

                        自交

F_{2 ：}       A＿B＿   A＿bb   aa B＿   aabb                                          

  比例：   9/16     3/16    3/16     1/16                                          

 

由题可知B基因抑制黄色茧这一性状的表达，因此F₂中只有含A基因，同时不含B基因的个体表现为黄色，其余的为白色。即A＿bb为黄色占3/16，而A＿B＿、aa B＿、aabb都为白色故占13/16。

因此白色茧对黄色茧的分离比为13:3。

 

例2：蚕的黄色茧(A)对白色茧（a）是显性，黄色出现的基因（B）对抑制黄色出现基因（b）是显性。两对等位基因位于两对同源染色体上，现用杂合黄色茧（AaBb）蚕相互交配，后代中白色茧对黄色茧的分离比是？

解析：F₁                  AaBb

                        自交

F_{2 ：}       A＿B＿   A＿bb   aa B＿   aabb                                          

  比例：   9/16     3/16    3/16     1/16                                         

 

这种问法中只有当A、B基因同时存在时才为黄色，其余为白色。即A＿B＿为黄色占9/16，而A＿bb、aa B＿、aabb都为白色故占7/16。

因此F₂ 中白色茧对黄色茧的分离比为7:9。

 

例3：蚕的白色茧(A)对黄色茧（a）是显性，抑制黄色出现的基因（B）对黄色出现基因（b）是显性。两对等位基因位于两对同源染色体上，现用杂合白色茧（AaBb）蚕相互交配，后代中白色茧对黄色茧的分离比是？

解析：F₁                  AaBb

                        自交

F_{2 ：}       A＿B＿   A＿bb   aa B＿   aabb                                          

  比例：   9/16     3/16    3/16     1/16                                         

在此题中， F₂ 中的A＿B＿、A＿bb因为有A基因而表现为白色，而aa B＿因为有B基因而表现为白色，故只有aabb表现为黄色占1/16，白色茧有A＿B＿、A＿bb 、aa B＿占15/16。

因此F₂ 中白色茧对黄色茧的分离比为15:1。

 

二、F₁自交后代有三种表现型

例1：在西葫芦的皮色遗传中，已知黄皮基因（Y）对绿皮基因（y）为显性，但在另一白皮显性基因(W)存在时，基因Y和y都不能表达。两对等位基因相对独立，现有基因型为WwYy的个体自交，其后代表现型种类及比例为？

解析：F₁                    WwYy

                           自交

F_{2 ：}            W＿Y＿  W＿yy   wwY＿   wwyy                                         

比例；   9/16     3/16     3/16     1/16    

由题意可知当W基因存在时西葫芦呈白皮，故F₂  基因型W＿Y＿、W＿yy为白色占12/16，

基因型wwY＿由于Y 的显性作用表现为黄色占3/16，基因型wwyy为绿色占1/16。

因此基因型为WwYy的个体自交，其后代表现型种类为三种，白色：黄色：绿色为12:3:1。

 

例2：一种观赏植物，纯合的蓝色品种与纯合的鲜红色品种杂交，F₁为蓝色，F₁自交，F₂表现型有三种分别为蓝色、紫色、鲜红色。且蓝色：紫色：鲜红色为9:6:1。则紫色的基因型为？

解析：在此题中“纯合的蓝色品种与纯合的鲜红色品种杂交，F₁为蓝色，F₂表现型出现紫色”，往往让大家认为是一对等位基因的不完全显性，如果是一对等位基因则不可能出现 “F₁自交F₂为9蓝：6紫：1鲜红”，又由于9+6+1的和为16即4²。故我们认为这也是两对等位基因的自由组合现象。又F₂蓝色：紫色：鲜红色为9:6:1。我们认为蓝色为显性。故推测出：

P              AABB    aabb

                                   （蓝色）（鲜红色）

F₁                  AaBb （蓝色）

                        自交

F₂           A＿B＿   A＿bb   aa B＿   aabb                                           

       （蓝色）  （紫色）（紫色）（鲜红色）

比例 ：  9/16     3/16    3/16     1/16                                              

 即F₂为蓝色：紫色：鲜红色比例为9:6:1。

而紫色植株基因型为AAbb Aabb   aaBB  aaBb四种

 

例3：香豌豆能利用体内的前体物质经过一系列代谢过程逐步合成蓝色中间产物和紫色素。此过程是由A、a和B、b两对等位基因控制的（如右图所示），两对基因不在同一对染色体上。其中具有紫色素的植株开紫花，只具有蓝色中                                     

间产物的开蓝花，两者都没有的则开白花。基因型为AaBb的香豌豆自花传粉，后代表现型比例为？

解析：：F₁                 AaBb

                        自交

F_{2 ：}       A＿B＿   A＿bb   aa B＿   aabb                                           

  比例：   9/16     3/16    3/16     1/16   

 由图可知前体物质必须在基因A和基因B同时存在时才能合成紫色素，即基因型为A＿B＿的个体开紫花。

只有基因A而无基因B时前体物质只能形成蓝色中间产物，故基因型为A＿bb的个体开蓝花。

无基因A的个体，由于不能形成蓝色中间产物而无紫色素的形成，因此开白花，即aa B＿、aabb开白花。

因此我们可以得到基因型为AaBb的香豌豆自花传粉，后代表现型紫色：白色：蓝色比例为9:4:3。

 

三、F₁自交后代有五种表现型

   例1:人类的皮肤含有黑色素，黑人含量最多，白人含量最少。皮肤中黑色素的多少，由两对独立遗传的基因（A和a、B和b）所控制；显性基因A、B可以使黑色素量增加，两者增加的量相等并且可以累加。若一纯种黑人与一纯种白人婚配，后代肤色为黑白中间色；如果该后代与同基因型的异性婚配，其子代可能出现的表现型种类及比例?

解析：由题中信息可以判断纯种黑人基因型为AABB，纯种白人基因型为aabb，基因型中显性基因（A或B）的个数越多，肤色越黑。

P      AABB   aabb

 

F₁          AaBb

            自交

 

F₂     中具有四个显性基因的个体：AABB占1/16

      具有三个显性基因的个体：AaBB+AABb占4/16

      具有二个显性基因的个体：aaBB+AaBb+Aabb占6/16

具有一个显性基因的个体：aaBb+Aabb占4/16

     不具有显性基因的个体：aabb占1/16

故其子代可能出现的表现型种类为五中，比例为1:4:6:4:1.