万寿寺始建于明朝，称聚瑟寺。1577年，万历皇帝之母慈圣李太后出资，司礼监冯保督建而成，改名万寿寺，成为皇家寺庙。清朝时又经几次重修扩建，遂成为规模宏大的皇家重寺。清乾隆十六年和二十六年，清高宗弘历曾两次在这里为其母祝寿。1894年，慈禧太后重修万寿寺行宫，增修了千佛阁和梳妆楼。当年，慈禧往来于颐和园与紫禁城之间，都要在万寿寺拈香礼佛。山门上方“敕建护国万寿寺”，为清顺治御赐的石匾。

    寺庙前，长河奔流。旧时设有码头，每当春末夏初，帝王太后从紫禁城走水路到颐和园避暑，均在此驻跸下船稍事休息。