数百年来，百岁宫数次重建，多次传戒。清康熙五十六年(1717)百岁宫毁于火灾，六十年(1721)重建。乾隆年间传戒。道光年间重修、扩建百岁宫，并将其更名为“万年禅寺”，使百岁宫成为“十方丛林”。

    咸丰三年(1853)百岁宫毁于兵火。光绪五年(1879)住持僧宝身重建并赴京恭请《藏经》一部，光绪末年再次遭火，因扑灭及时，无暇肉身、明、清帝王所赐金章、玉印以及无暇抄写的《血经》等完好无损。

    1917年北洋军阀政府总统黎元洪赠额“护国万年禅寺”，并题竖匾“钦赐百岁宫 护国万年寺”。1917年、1932年百岁宫两次开坛传戒。开坛传戒期间，香客云集，鼓乐震天，经声佛号，为一时之盛。

海玉（1513-1623）。在九华山百岁宫中，供奉着一位五百多年前的肉身菩萨。海玉为明代高僧，字无瑕。顺天宛平（今北京市）人。

嘉靖十五年（1536）在五台山出家。曾云游参访峨嵋等佛教圣地。万历年间来到九华山，在插霄峰摩空岭结茅安居，取庵名“摘星庵”。无瑕刻苦清修，戒律精严，终年以烟霞为伴，扬清吐浊，不食人间烟火，饥来食黄精、葛根，渴来饮山涧泉水，并刺舌血拌和金粉，抄写《大方广佛华严经》费时20余年，抄完经书81卷。为后世留下血经珍宝，如今仍珍藏在九华山历史文物馆中。

天启三年（1623）秋，海玉拈偈一首：“老叟形骸百有余，幻身枯瘦法身肥。岸头迹失魔边事，洞口言来格外机。天上星辰高可摘，世间人境远相离。客来问我归何处？腊尽春回尽见梅。”说完偈词又嘱咐弟子将其遗体坐缸，言毕安详入定。

三年后启缸，肉身面色如生、身体完好，遂装金供奉。其徒慧广随即“建寺宇，造戒堂，立方丈”，易庵名“百岁宫”。

百岁宫今存钟、鼓、碑刻等文物50余件，坐北朝南，五层古典走马通楼，融山门、大殿、应身殿、库院、僧舍、客房和东司为一体，楼层内有巨岩横陈，有磐石镶嵌，岩石与建筑、建筑与山峰自然结合，巧夺天工，雄踞悬崖绝壁之上，掩映在苍松翠柏之间，令人叹为观止。

1995年兴建五百罗汉堂，坐东朝西，占地640平方米，两层仿古宫殿式建筑，粉墙碧瓦。双层飞檐翘角，雕梁画栋，蔚为壮观。

注：黎元洪题竖匾照片来自网络

1917年北洋军阀政府总统黎元洪赠额“护国万年禅寺”，并题竖匾“钦赐百岁宫 护国万年寺”。1917年、1932年百岁宫两次开坛传戒。开坛传戒期间，香客云集，鼓乐震天，经声佛号，为一时之盛。