埃及国家博物馆二层是专题陈列室。有棺木室、木乃伊室、珠宝室、绘画室、随葬品室、史前遗物室、图坦卡蒙室、纸草文书室等。图坦卡蒙室陈列有1700余件出土文物。其中图坦卡蒙法老木乃伊的“黄金面罩”、“黄金棺材”、“黄金宝座”等，可与世界上任何一个博物馆中最值得夸耀的文物媲美。尤其是“黄金面罩”，是用金板依照国王生前容貌打造，镶满红宝石，额上还塑有象征上下埃及统治者的兀鹰和眼镜蛇。这些光辉灿烂的金制品，是古代埃及财产的丰富和法老权力巨大的充分体现。二层西南角的木乃伊陈列室是埃及博物馆最吸引人的地方。里面安放有20余具埃及历代法老及其后妃们的木乃伊。木乃伊是几千年前经过制作的干尸。在存放木乃伊的人形棺木的盖上和内部，绘有死者的守护神或经文。如阿斯特姆卡布的彩色木棺棺盖，高205厘米，眼睛、眉毛用珐琅镶嵌，给人以雍容华贵之感。埃及博物馆存放的木乃伊，有的已有3500多年的历史，但仍保存完好，有的还可以清楚地看到头发和脚指甲。其中保存最好的是新王国第十九王朝的拉美西斯二世（约公元前1317年至公元前1251年）的遗体。拉美西斯二世在埃及历史上，第一个与外敌赫梯人之间缔结了和平条约，所以安放拉美西斯二世遗体的展室叫“战争与和平展览室”。