图特摩斯有感于先人的陵寝大都不免遭受盗墓人的侵害，把自己的陵墓同殡葬礼堂分开，这在埃及法老中还是没有先例的。他的墓地距礼堂将近1.6公里。他命依南尼在底比斯山西麓隐蔽的断崖下，在那石灰岩壁上开凿了一条坡度很陡峭的隧道作为墓穴，并将遗体（木乃伊）放在那里。从此以后的500年间，法老们就不断地在这个山谷里，沿用这种方式构筑自己的岩穴陵墓。后来希腊人看到那通往墓室的长长的隧道，觉得很像牧童吹的长笛，就把这种岩穴陵墓叫做“笛穴”。

    在过去的两个世纪，帝王谷都是现代埃及学进行勘探的主要地方。在此之前，帝王谷在古代是旅游景点（尤其在古罗马时代）。此地展示了古埃及研究的改变：由最初的盗墓演变为对整个底比斯墓地的精确发掘。撇除以下的发掘及研究，仅有十一个陵墓的资料完整地记录下来。

古希腊的斯特拉波（公元前1世纪）和西西里的狄奥多罗斯（公元1世纪）均记载底比斯王室墓葬共有47处，其中17处当时仍保存完好。保萨尼阿斯（Pausanias）等古代作家也曾提到谷中管状的通道，指的明显就是帝王谷的陵墓。