塔尔寺是宗喀巴大师罗桑扎巴（1357-1419）的诞生地。宗喀巴大师早年学经于夏琼寺，16岁去西藏深造，改革西藏佛教，创立格鲁派（黄教），成为一代宗师。传说他诞生以后，从剪脐带滴血的地方长出一株白旃檀树，树上十万片叶子，每片上自燃显现出一尊狮子吼佛像（释迦牟尼身像的一种），“衮本”（十万身像）的名称即源于此。 

    塔尔寺自建立之日起，慢慢完善了一套自己的寺院宗教组织，寺院政治组织和寺院经济来源，文化生活等的体系化。其中最能体现塔尔寺各类组织完善的要算寺院庙会了。庙会既是僧侣的学经的好机会，又是他们娱乐的时间。

    宗喀巴去西藏六年后，其母香萨阿切盼儿心切，让人捎去一束白发和一封信，要宗喀巴回家一晤。宗喀巴接信后，为学佛教而决意不返，给母亲和姐姐各捎去自画像和狮子吼佛像1幅，并写信说：“若能在我出生的地点用十万狮子吼佛像和菩提树（指宗喀巴出生处的那株白旃檀树）为胎藏修建一座佛塔，就如与我见面一样”。第二年，即明洪武十二年（1379年），香萨阿切在信徒们的支持下建塔，取名“莲聚塔”。此后180年中，此塔虽多次改建维修，但一直未形成寺院。

    嘉靖三十九年（1560年），禅师仁钦宗哲坚赞于塔侧倡建静房1座修禅。17年后的万历五年（1577年），复于塔之南侧建造弥勒殿。至此，塔尔寺初具规模。