净土曼殊寺历史悠久，自唐末宋初以来，先后以“寄骨寺”、“京都寺”、“净土寺”而演更。岁月沧桑，数经变迁， 至1971年净土寺被全部拆除，一切碑迹额联等，也不知失于何地。九十年代，五台山大德高僧——海正上师于此地矢志重建净土寺，历经艰辛，缘乞八年建起宏伟庄严的净土曼殊寺。近年净土曼殊寺常有“佛光”出现，声名远播于海内外。

毁于战乱的净土古寺能够重焕新颜，不得不提到净土曼殊寺的住持——得道高僧海正上师。

    那还是在公元1983年。一天，在五台山广宗寺出家的海正上师听师父清海上师描述了一个神奇的地方。清海上师说道，这个地方地形好像一朵宝莲花，有“十八罗汉拜文殊”的奇特景观，是修建寺院的圣地，只可惜，建在这块圣地上的一座千年古刹——净土寺在战乱中被毁，从此湮没了。

    1991年3月，清海上师圆寂，同年7月，海正上师便离开五台山，前往西北地区寻找师父曾经描述过的人间胜境。他先后寻访了甘肃、新疆、青海、宁夏和陕西等地的莽莽名山，但都没觅到这个神奇的地方。随后，海正上师来到了甘肃天水的麦积山一带。他打算，游览了麦积山之后，就放弃寻找，返程回去。 但一个偶然的机会，海正上师来到麦积山邻近的仙人崖。仙人崖的正德大师前一天正好做了一个奇怪的梦。梦到有几位黄袍僧人来跟他商量重修净土寺的事。

正德大师一见到海正上师，马上意识到他就是梦里所见的重修净土寺的黄袍和尚。于是马上派弟子带海正上师来到了净土宝莲峪。海正上师仔细察看这里的地形，发现这里正是师父所说的佛家圣地！

历经千辛万苦，师父提到过的古寺遗址终于找到了！那个时候，这座千年古刹只剩下一片荒谷，一间草棚。海正上师立志要重修净土寺！海正上师还作出一个惊人的决定，立志要通过化缘重建净土寺，最终给天水要建一座爱国爱教的道德教育大宗。

    为了不给国家增加负担，海正上师吃野菜、喝泉水、跋山涉水筹集善款、募化材料。在不到十年的时间里，他共化缘七千八百多万。学过工巧明建筑的海正上师参考了五台山的寺院古建和南方的现代园林建筑，因地制宜地亲自设计、亲自指挥，在旧址废墟上建起了一座庄严肃穆的文殊菩萨道场，称为“净土曼殊寺”。净土曼殊寺营造的是一个将南北建筑风格集于一身、古典佛教建筑与现代园林式建筑融于一体的独具魅力的寺院环境。