南郭寺处在这种奇山胜水之地而享有钟灵毓秀之誉，非为虚美之辞。各套院均作四合院独成格局，所属小院相对独立而又相互依托，女儿墙相隔，月门出入。进一门可通七院。七院：东套院一进二院，中套院一进独院，西套院一进四院。西院有隋代砖塔(已记)。全寺建筑物，有殿宇、禅堂、楼轩、亭阁、牌坊等计二十八座，八十余间，占地面积为2．67万平方米。西院：是南郭寺的主体建筑群。由盘山曲径，经一段台阶踏步入寺。院前两棵国槐虬枝览云，叶茂蔽日。首座垂花牌坊式山门，门楣上悬挂全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初先生题写的《南郭寺》大字匾额。内侧左钟楼，右鼓楼。前院东西两端两处院落：东为《杜少陵祠》；西为“禅林”院。

    前院第一座殿宇为“天王殿”，面阔三间，悬山顶五擦抬梁造前出廊式结构。门额上悬挂临摹北宋书法家米芾行书《第一山》大字匾。门联曰：佛地本无边，看慧山层层，紫塞千峰平槛立，流泉不能浊，笑出门滚滚，河百里抱城来。前坐弥勒佛，后站护法韦驮。泥塑彩绘四大天王(摩天四将)造像，后院正南为正殿，即大雄宝殿。大殿正中门上悬挂天水名人、当代书画家周兆颐先生所书《应无所住》大字匾额。

    南郭寺古建筑的中心和主体，有殿宇、禅堂、楼轩、亭阁、牌坊等计28座，80余间，占地面积为2.67万平方米，由三座山门自西向东组成西院、中院、东院三个院落。西院是南郭寺的主院，主要包括山门、钟鼓楼、天王殿、大雄宝殿，东西二配殿，东西禅林院以及卧佛殿。卧佛院紧临西禅林院，建有卧佛殿一座，多为恢复的清光绪年间建筑。

    中院建有关圣殿宇三间，为清乾隆年间建筑。东院有马房及湫池宫等古建筑，为清末民国初年建筑，具有很高的文物研究价值。现东院新建“二妙轩”诗碑廊一座，位于北流泉以南，碑体总长35.6米，高4.36米，为仿古建筑。古遗迹、遗物。隋塔，隋塔即南郭寺卧佛殿院内的舍利砖塔，据史载，此塔建于隋仁寿二年（公元602年），后由于地震等原因倒塌，现塔基尚存，按常规，塔基下为地宫，藏有舍利。具有极高的历史和考古价值。陀罗尼经幢，为五代十国遗物，现残存三段，是考证南郭寺历史的重要依据。