1958年，修建青铜峡水库时，考虑构筑拦河坝将淹没塔区下河滩地，塔林下的古寺遗址和2座塔全部被拆除，并准备将108座喇嘛塔全部迁移，但在已经被拆除的2座塔当中发掘出了带有西夏文的千佛图帛画和佛经残页，整体迁移计划才就此作罢。

1963年2月，一百零八塔塔被宁夏回族自治区公布为第一批重点文物保护单位。

1987年至1988年，经国家文物局批准，宁夏回族自治区文物部门对一百零八塔进行了修复。1988年，“一百零八塔”被公布为第三批全国重点文物保护单位。