2000年开始，敦煌市采取应急措施，在月牙泉周边回灌河水补充月牙泉水位，使月牙泉暂时免于枯竭。 2004年的水位下降至1.3米，泉水面积减小到7.8亩。

2007年8月，受敦煌市鸣沙山·月牙泉管理处委托，中国城市建设研究院风景园林所对景区规划重新进行了编制。 

    2010年05月12日，商业一条街项目地址选定在鸣沙山月牙泉风景名胜区山门前东侧，以建筑、空间、环境设计为载体的商业建筑，主体一层，局部两层。

经过3个多月的建设，在原有游客服务中心的基础上，建成了集旅游咨询、导游服务、游人休息、临时性接待，以及提供游客导览地图、旅游手册、明信片等为一体的集散大厅。 

2014年8月21日，住房城乡建设部下发了《住房城乡建设部关于鸣沙山——月牙泉风景名胜区重点区域详细规划的函》，正式批复敦煌市鸣沙山月牙泉风景名胜区重点区域详细规划。

2015年7月下旬，鸣沙山月牙泉景区晋升为国家5A级旅游景区。