喀纳斯湖水源主要来自奎屯峰、友谊峰等山的冰川融水和喀纳斯河流域的降水，从地表或地下泻入喀纳斯湖。

喀纳斯湖位于喀纳斯河发源地。喀纳斯湖水主要泄水渠道即为喀纳斯河。 

喀纳斯湖中鱼类用于观赏的淡水鱼主要包括阿尔泰林蛙、极北蝰、胎生蜥蜴、岩雷鸟、普通松鸡、哲罗鲑（俗称大红鱼）、细鳞鲑、江鳕、北极鮰、西伯利亚斜齿鳊等。用于食用的冷水鱼主要有狗鱼、五道黑、扁花、小白条等品种，其中五道黑（学名“赤鲈”）由于大量捕捞已经濒临灭绝，主要用于观赏鱼饲养。喀纳斯湖以旅游业为主，且湖水冰冷不适合大量鱼类养殖，故鱼类产量很少，多用作礼品。