石马寺坐东向西，东高西低，东西长75米，南北宽约500米，占地37000平方米。中轴线由西向东，按佛教规则依次排列有戏台、石牌坊、石拱桥、石台阶、山门、大殿、六角亭、窟廊。山门两侧对置钟、鼓二楼，大殿在一巨石西崖正前方，殿前立石马一对。巨石顶部为六角亭，寺院最南端为禅院、僧房。四柱三门石牌坊位于寺前桥西，上刻“垂虹跨涧”、“凌空结构”，大雄宝殿位于寺院中心，高台基，面阔五间，进深悟椽，三面围廊重檐歇山顶。斗拱五铺作，单抄单下昂，重拱计心造。大殿左侧为窟廊，顶部的砖拱劵顶，形如蜗牛，弯转自由，砌工精巧，匠心独具。六角亭居大殿后侧巨石顶部最高处，上下两层，小巧玲珑。站在亭内，上可博览群山雄姿，下可鸟瞰寺院全景。寺前石马河水涓涓长流，犹如一座城池的护城河维护着寺院，布局整体既显现出佛教殿堂的庄重、威严，神秘不凡的气度，又具有中国古代建筑富丽堂皇、雍容华贵的审美追求。

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