北京孔庙的第三进院落最具特色，由崇圣门、崇圣殿和东西配殿组成独立完整的院落，与前二进院落分割明显而又过渡自然，反映出古人在建筑部局上的巧妙构思。这组建筑称为崇圣祠，是祭祀孔子五代先祖的家庙。建于明嘉靖九年（公元1530年），清乾隆二年（公元1737年）重修，并将灰瓦顶改为绿琉璃瓦顶。

崇圣殿又称五代祠，面阔五间，进深七檩，殿前建有宽大的月台，月台三面建有垂带踏步各十级。殿内供奉孔子五代先人的牌位及配享的颜回、孔伋、曾参、孟轲四位先哲之父的牌位。东西配殿坐落在砖石台基上，面阔三间，进深五檩，单檐悬山顶，内奉程颐、程颢兄弟、张载、蔡沈、周敦颐、朱熹６位先儒之父。

三进院落及其建筑有明确的建筑等级差别和功能区域划分，和谐统一地组成一整套皇家祭祀性建筑群落，是我国古代建筑的杰出代表。