国家大剧院自从竞标中把得头筹那一天起设计方案就没停止过争议。在造价、环保、环境的关系都曾是争议的焦点。
　　国家大剧院的建设方案曾遭部分院士、建筑学家、建筑师的批评性意见。耗资巨大以及建筑设计的艺术形式存在着令人担忧的问题。巨型壳体覆盖着四座剧场，从演出功能看毫无必要，导致很大的耗费；大面积的水池也是一种不经济的行为。
　　国家大剧院被北京居民昵称为“蛋壳”。国家大剧院这个方案可以说是最令人惊愕的作品之一。评委会在招标前提出三个原则：一看就是一个剧院，一看就是中国的大剧院，一看就是天安门附近的大剧院，它这三个方面都不符合。据清华大学建筑设计院的胡绍学介绍，之所以选择现在的方案“求新的心态肯定是有的”“......从当时搜集上来的所有方案来看实际上还是追求新颖”。其外表形状与附近的故宫以及毗邻的人民大会堂建筑风格‘不协调’也是人们争论、批评的焦点，被认为舍“传统”而取“现代”之争。另外北京风沙尘土大，大圆弧建筑又难于清扫。
　　国家大剧院总投资26.8838亿元，大剧院工程内部三大剧院座位数已经确定为5473个，平均每个座位造价近50万。以每个希望小学平均造价25万（参照浙江标准）计算，国家大剧院总投资可以建5473×2＝10496所希望小学。 有专家根据经验计算统计，国家大剧院建成后的运营费和维护费极其惊人，仅每月的电费就需要400万元人民币，可以建16所希望小学。
　　中国青少年发展基金会自1989年创立以来，15年累计接受海内外捐款22亿多元，资助250多万名贫困学生上学读书，援建希望小学9508所。在每100所农村小学中，就有2所是希望小学。(2004年02月24日 (中国青基会通讯2004年第1期)). 比较可以看出，国家大剧院这一项建设投入比“希望工程”15年的募资还多。如果将这笔费用投入农村教育可以相当于“希望工程”15年的成就。