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1、局部损伤：体积小但是活动量大的结石，是对局部的组织损伤最为轻的，但是大而且固定的呈鹿角状的结石可使肾盂、肾盏上皮细胞脱落，出现纤维组织增生、溃疡、淋巴细胞和中性粒细胞浸润，导致纤维化。

2、肾功能不全：肾结石在合并尿路梗阻时，尤其是双侧尿路梗阻或在此基础上合并严重感染，病人可出现肾功能不全。

3、肾组织为脂肪组织代替：肾结石肾盂肾炎的肾组织萎缩后可为脂肪组织所代替。肾脏维持其原形但普遍缩小。

4、泌尿系梗阻：肾结石结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水。

5、胃肠道症状、贫血等。

6、感染：尿路感染病人临床表现为发热、腰痛、尿中出现脓细胞。

7、肾钙质沉积症：钙质在肾组织内沉着，多发生于有高血钙患者。原发性甲状旁腺功能亢进、肾小管酸中毒和慢性肾盂肾炎患者，可有肾钙质沉淀。钙质主要沉淀在髓质内。病变严重时，全部肾实质都可有钙沉着，导致间质纤维化，肾小球硬化和肾小管萎缩。