Perl简单处理单条fasta序列的文件。

#!/usr/bin/perl -w

while (<>) {

        chomp;#去掉字符串结尾的$/(默认是换行符).

        if(/^>/){ 

                ($display_name,$desc)=/>(.*?)\s(.*)$/; #读取描述性文字. 

        } else{ $seq.=$_;

               }

} #各种处理... 

上面的例子实用性不高，因为一般都不会是单条序列。如果是多条序列的话，如下: 

#!/usr/bin/perl –w

open FILE, "<test.fasta"; $/ = ">"; #将$/(默认换行符)替换成>.

while (<FILE>){

        if($_ =~ /(gi.*?)\s(.*)>/ms){ #这里需要自己适当修改就行. 

               $desc = $1;

               $seq = $2;

               $seq =~ s/\s//g; #把序列里的换行去掉. #这里添加各种处理... 

       }

} #各种处理...