连锁不平衡软件及结果分析

分享：连锁不平衡及单倍型计算方法小程序
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功能一: 计算genotype frequency,allele frequency,HWE
功能二：将数据转化为Arlequin,PHASE,Haplotyer等软件可识别的数据格式
功能三：读取Arlequin的计算结果，提取haplotyper frequency和D值

用的是SHEsis软件，进行3个位点的连锁不平衡分析，结果如下：请高人指点（D‘和r2在什么范围就是连锁不平衡了？？）
http://bbs.bbioo.com/data/attachment/forum/month_1007/1007262354b1d19c8b35e3e4cd.jpg 
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连锁平衡分析SNP后D'为0.99而r值却很低该位点是否存在连锁不平衡http://genetics.dxy.cn/bbs/thread/11940164?keywords=连锁不平衡#11940164

我检测了一个基因的3个SNP，结果如下 p
E1/-129(T/C) C C 0 C (0.062）2） T T 56 (87.5) 0.28
C T 8 (12.5) T (0.938) 
G2677T G G 15 (23.4) 
T T 12 (18.8) G(0.453) 
A A 2 ( 3.1) 0.72 T (0.406) 
G T 21 (32.8) A(0.141) 
A T 7 (10.9) 
AG 7 (10.9) 
C3435T C C 14 (22.2) C(0.500） 
T T 35 (55.6) 0.38 
C T 14 (22.2) T(0.500) 
连锁不平衡分析如下：
Linkage Disequilibrium tests

D': 2677 C3435T
-126  0.828  0.997
2677   -   0.510


r2: 2677 C3435T
-126 0.072  0.059
2677   -   0.172
连锁平衡分析SNP后D'为0.99而r值却很低该位点是否存在连锁不平衡，是不是样本太少了，怎么r2怎么都能么小呀！！！！ 
http://img.dxycdn.com/upload/2008/05/28/51234755.jpg

1.遗传统计学大讨论 [精华] 
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=185&id=11477242&sty=1&tpg=1&age=0
2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3111409_1.html
3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1089297_1.html
4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=11926550&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#11926550
5.我们为什么要研究"连锁不平衡" 
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=38&id=2019850&sty=3&keywords=���ƽ��
6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2288267_1.html
7.SNP连锁不平衡计算讨论帖
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3340273_1.html
8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/568190_1.html
9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2467745_1.html
10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1988637_1.html
11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2496008_1.html
12.菜鸟请教连锁不平衡
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2984524_1.html
13.求助：连锁不平衡结果分析！！！
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=8860947&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#8860947
14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=11231240&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#11231240
15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=9239186&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#9239186
16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系 
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=11966267&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#11966267 
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/3408577_1.html
18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/7838939_1.html

1.Hardy-Weinberg Equilibrium
2.连锁分析
3.LD分析及haplotype关联
推荐几个帖子！！！
【专题讨论】Hardy-Weinberg Equilibrium
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=16190507&sty=1&tpg=1&age=0

【求助】关于挑选tag snps和分析单体型前先做LD分析的困惑 [精华]
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=13530665&sty=1&tpg=1&age=0

【求助】连锁不平衡分析 [精华]
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=12134975&sty=1&tpg=1&age=0

关于连锁不平衡与单体型分析的问题http://genetics.dxy.cn/bbs/thread/14189718?keywords=单体型#14189718

做一个单体型分析，病例对照研究，分病例组和对照组，在做单体型分析前，需要做连锁不平衡分析，求出D值，我的问题是，进行连锁不平衡分析的时候是不是把病例组和对照组合并进行分析，求出D值，我查的文献上边对于病例组和对照组只有1个D值，不知道是病例组还是对照组，还是两组合并后计算的D值？
进行单体型分析的时候是病例组分开分析的，病例组和对照组分别求出相应的单体型频率，然后进行比较分析？
希望这方面的高手能够指点指点。

如同进行 HW平衡检验一样，需对对照组进行分析，判断是否符合HW平衡，是否具有连锁不平衡。不过软件都是直接给出结果。可以用 SNPstat在线软件或 Haploview。 

关于D和D‘的计算问题，参考http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=157&id=3043235&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0#3043235
D’》0.5表示LD的存在，否则为negative
D‘》0.8表示STRONG LD，P值很少看的

对于两个位点而言，r2值更有价值,hapmap计划中引用tagger软件，一般以r2>0.8作为两个位点间存在明确的连锁不平衡。r2＝1时，这两个位点可以互相替换，而且这两个位点构成的单倍型只有两种（一般应有2×2＝4种）。D’是D标准化后的值，你自己找它的计算公式，可以看出D'非常依赖位点频率，D'=1是代表两个位点组成的单倍型<4种，D'不等于1时其意义很难解释。这是个人理解。也问过hopkins的教授，她说常规r2>0.8，但她在具体处理中选择r2和D'都>0.8的那些位点。