嘉靖年间的内忧外患相当严重。其中最值得我们警惕的是兵变。国家少不了军队，而军队的内部溃烂危险之至。

陈其学以自己的清廉和日常的谨慎防止着这种兵变和溃烂。
　　军队之所以溃烂，原因很多。就制度而言，明太祖的军民分籍，解决了一时的财政困难，而不足以奠定长治久安。政府把人民分为两种，以其一种担负全部军事任务，另一种完全不担负军事任务，根本是不合理的。
　　其有军籍的人，又分为两种：军官与兵士，两种都有军田，两种都是世袭。军官世袭，变成了贵族；兵士世袭，变成了农奴。作为世袭贵族的军官，生活太有保障，一代一代地懒惰下去，很像清朝的八旗子弟。作为世袭农奴的兵士，终身听人驱使，前途毫无希望，能逃的则逃，不能逃的也一代一代地混日子，不知有国家，更不会爱长官。
　　太平久了，武器会生锈，军官与兵士也会生锈。这是中国历史上每一个朝代由盛而衰的关键。一个朝代，老是对外找仗打，可能弄得民穷财尽，大损国力；反过来说，一个朝代，老是对外敷衍，弄得将不像将，兵不像兵，将与兵都毫无作战经验，也未尝不是自种祸根。
　　明朝初年，河套尚未被北元侵占，北边边疆上只有四个镇：辽东（辽阳）、宣府（宣化）、大同、延绥（延安绥德）。其后，增设蓟州、宁夏、甘肃、偏头关（简称偏关）、固原五个镇。一共是九个镇，称为“九边”。九边之中的所谓“三边”，指延绥、甘肃、宁夏，设了“三边总制”。三边总制的衙门曾设在固原。
　　九个镇，各设总兵官一人（简称总兵）。各镇所统辖的卫所的兵额，有多有少，平均是十万人左右。实际上的人数，那就大打折扣了。以宣府为例，在洪武年间确有十万，到了武宗正德年间便只有六万六千九百多人。而且，在这不足七万的人数之中，有一半不是来自卫所的正规军，而是所谓土兵或募兵。土兵，其实也是募兵，土的意思，指本地而言。

边疆的生活相当的苦，本地的居民之应募为士兵的还可以勉强受得了，内地的募兵肯去的不多。每每走到半途便开了小差。犯罪的，常有被“发往边卫为兵”的。这便是苦上加苦了。怀着一肚皮的委曲，如何打得了仗？陈其学领导的就是这样的兵。
　　从军官到兵士，打仗只是虚应故事。成化年间以后，能杀得三五个敌人的军队，便算是好军队，便有资格向朝廷报功领赏。多数的官与兵，虽则身在边疆，却并无保卫边疆之意，只是按时领粮领饷，混混日子而已。

在明世宗的嘉靖年间和明穆宗的隆庆年间，打仗简直成了家常便饭。事实上，陈其学自上任以来，在缺兵少将的情况下已经连续打败俺答、阿勒坦、辛爱等多次进攻了。

自隆庆元年（1567）起，边关战事不断。据不完全统计，主要战事有：隆庆元年三月三十日，土蛮进攻辽阳长安堡，备御指挥王承德率兵力战，中流矢死，明军多被创，指挥宋世举、都指挥高惟忠及副总兵杨四畏以失事逮向。王承德赠都指挥仍令其子袭升二级。
   隆庆元年五月初十日，俺答犯大同任达沟等处，参将刘国引兵抗御，战于西山及谢家洼，俺答引还。
   隆庆元年九月初四俺答率兵六万骑，分三道攻朔州、老营，偏头关诸地。老营副总兵田世威缨城自守，游击方振出战失利，俺答率部南下。总督王之诰闻变，以游兵六千骑兼程抵雁门，而大同、延绥二万骑亦至，但皆相望不敢前。
   隆庆元年九月十二日，俺答、赵全等攻陷石州城，男女被杀五万余人，焚烧房舍三日不绝（这就是俺答屠石州的大事件）。总兵申维岳驻大武店，距石州城仅四十里，不救，仅尾随之。得到石州失守的报告，发兵二万往援，但亦不敢靠近。俺答又分兵犯涞水、交城、平阳、介休。并大掠孝义、平遥、太谷、隰州等地，破庄堡十七所，捆载徐归，
    隆庆元年九月二十四日京师戒严，令五城御史加紧盘察，巡仓御史督获漕粮入城。次日，兵部及京营各官又条议京城防守事宜。
   隆庆元年十月初五日，俺答出边。俺答自入犯至出边，纵横蹂践，残破大同、石州、文水、交城、清源、祁州、霍州、灵石、汾州、孝义，介休、平遥，以及榆次、太谷、徐沟、太原、阳曲、寿阳、孟平、平乐等州县。劫掠将千里，中间攻陷烧杀计损人畜数十万。

就是在这种情况下，陈其学受命于危难之时，出任宣大总督，但战事并没有停止。
    隆庆二年（1568）二月十七日，俺答犯柴沟堡（今河北怀安南）、新庄等处，守备韩尚忠迎战死，副总兵佟登力战仅免。
    隆庆二年八月十四日招降板升叛匪白春等，在陈其学的建议下，朝廷宣诏，悬出赏格，并特意说明，以上赏格也适用于九边各地。
    隆庆二年十一月初五日，宣府总兵马芳率所部一千余，出独石口外二百里，袭击俺答部于长水海子，击败了俺答。旋又击败俺答部于鞍子山。前后斩获八十余人，马四十余匹。诏赏马芳等将领。
    隆庆三年元月，宣大总督陈其学督大同总兵官赵苛率兵出宏赐堡遇虏迎战，败之。擒斩170人，夺获牛马85匹。上嘉其功，赏赵苛银币40两，纻丝两表里，阴一子正千户；总督陈其学阴一子国子监读书。升大同巡抚刘佑俸一级，百户赵鹏，指挥党秀俸二级，百户神起、副总兵麻锦俸一级；佥事刘之蒙、郎中杨一茂各银币有差。同月，宣大总督陈其学，宣府总兵马芳为下狱论死的副总兵田世威、参将刘宝求请，愿以臣阴子之命为二臣赎罪，令其戴罪立功。上然之。

隆庆三年（1569）九月初六日，俺答率数万骑入犯大同右卫镇川堡，东西分掠山阴、应州、怀仁、浑源等处。俺答将进犯，官军已侦知之，但总兵赵苛提兵远屯，参将方琦不予设备，游击施汝清畏缩不前，不发一矢，任其杀掠，致使俺答如入无人之境，攻陷堡寨九十三所，杀掠男女及创残数千人，掠马畜粮刍以万计。其能自保者唯副总兵麻锦、参将麻贵、葛奈三人。

 隆庆三年（1569）九月，上命宣府总兵马芳整兵赴援。仍诫督抚将领协力战守，务保无虞。总督陈其学、大同巡抚李秋各言，本镇已经探得虏情，予为之备，因此，虏没有抢去什么。总兵赵苛等先有邀击，后有俘斩之功，宜加赏录。而巡按御史燕如宦却说：虏自入境以来，吾兵无敢发一矢一兵一卒，敌者攻陷堡寨，杀掠人畜者甚多，宜正诸臣玩愒（qi）之罪。于是，给事中张卤等劾奏边臣欺罔，请严究如法。兵部请下御史勘实以闻。

隆庆四年（1570）四月初九日，俺答率部由平虏边口大举入犯。山西总兵郭琥等坚壁以待，俺答遂南走朔、应、山、怀诸路。大同总兵马芳等亦有备，俺答乃转掠西路水口儿一带，攻平虏城。参将张刚恐防地有失，又惧俺答深入，乃与守备朱进、张鉴、董尚文等密谋，遣使以重金贿俺答，使犯威远堡。宣大总督陈其学率总兵胡镇救之，经十余日殊死战斗，俺答退去。赐陈其学、靳学颜、方逢时、郭琥、马芳、胡镇等银币有差。张刚由锦衣卫差官校第械至京问罪，其他不力官员罪罚不等。
    隆庆四年（1570）九月十三日，把汉那吉南走“败胡堡”降明。
    隆庆四年（1570）十二月初四日，俺答执叛人白莲教主赵全、李自馨、王廷辅、赵龙、张彦文、刘天麟、马西川、吕西川、吕小老等来献。初，赵全与丘富从山西吕明镇学白莲教，事觉，吕明镇被杀。丘富、赵全等俱投俺答，驻古丰州地，屋居田作，汉、夷杂居至数万人，名曰叛升。俺答授赵全等为酋长。丘富死，赵全益用事，曾尊俺答为帝，为治城郭宫殿。赵全等亦各建堡治第，并教彼攻城之术，引之入犯，破城堡，杀吏卒，无岁不至，边境苦之。明廷曾颁通缉赏格，但久之不获。至是，赵全等被送至京，明廷亦遣使送把汉那吉及妻等以归。本月二十二日，隆庆皇帝亲至午门城楼，接受献俘。是日，赵全等被磔于市，传首九边。至此，俺答封供，隆庆和议，边境通商互市，结束了明蒙边境的战争，开创了边境民族和睦的新局面。而此时，陈其学刚刚离开宣大总督任，出任了南京刑部尚书。
    上面的记录并不完正，除隆庆二年长水海子之战外还有隆庆四年威宁海子之战。隆庆四年（公元1570年）四月，马芳探知阿勒坦将主力屯于咸宁海子（今内蒙古商都），随即集中全部主力出击，战前马芳严令三军，全军弃掉辎重物资，每人仅带三日口粮，以示死战之心。四月七日全军开拔，一路上“人噤声，马衔枚”，悄无声息高速急行军，四月八日抵达咸宁海子外围时，正雄心勃勃筹谋新一轮南侵的阿勒坦竟毫无察觉。四月九日凌晨马芳发动总攻，先以火器攻击，马芳的“家兵”从阿勒坦大营两翼奇袭，马芳率主力正面突击，另有一支精骑在阿勒坦逃路上截杀，猝不及防的阿勒坦再次“中招”，马芳军“四面合围，驰突奔杀。”阿勒坦军“仓皇弃营，踩踏砍杀殒命者甚重。”经一夜血战，阿勒坦终于不支而逃，明军紧紧追赶，从咸宁海子一路向西追杀数十里。此战阿勒坦伤亡甚重，仅被擒的部落首领就有十数人，缴获战马辎重无数，可谓“大创之”。

就是隆庆四年（1570年）四月，俺答大举犯平虏、偏帅张刚以币贿虏、使移犯于威远。总督陈其学再遣总兵马芳以精卒敌之、汉虏相纷拏，杀伤大当击退强敌的。

但隆庆四年，陈其学还是遭到弹劾。

兵科给事中张卤上条言：请加饬春防。总督陈其学平生清谨，殊乏挥霍之才，巡抚王遴不近人情，太鲜含弘之度，宜为之处。又言，宣大总督原驻阳和居两镇适中之地，便于经略。已而驻怀来专备南山，夫虏不能越上谷以何南山，则南山不宜株守明矣，请如故。事令总督驻阳和。仍严核蓟镇练兵实效及入卫减撤之数，而诫褚官各戳力任事，无事虚言。

兵部议复，陈其学回籍听用。总督府还驻阳和。

看来，“清谨”也是一种错误。查字典，清是清正，谨是谨慎，都是褒义词啊！什么叫“殊乏挥霍之才”呐？是不是可以理解为“有才，仅够用，没有更多的才能用来挥霍，”比“江郎才尽”还是好的。言官们真是会用词呀！谁知道，“清谨”也是一把双刃剑呢？还是一把利器呀！“回籍听用”就是回家呆着去吧。陈其学难得这样清闲。

张卤，字召和，号浒东，河南仪封县（今河南兰考县）人，生于明嘉靖二年（1523年），卒于明万历二十六年（1598年），本来是明代的一个文人。

明嘉靖己未（1559年）中进士，先后任婺源、高平县令，以政绩拜礼科给事中。值穆宗登基，疏请视朝、莅经筵、广顾问以兴新政，被采纳。庚午年（1570年）晋升太常寺少卿，命未下，而内江相请更制兵营，卤草疏，极言不可。疏入，兵营如故。辛未（1571年）升右通政，9月南京都察院佥都御史，提督操江，巡抚浙江。入拜大理寺卿，以忤张居正，左迁南京太常寺卿。旋乞休归，万历二十六年（1598）病逝。

就这样，本来没有任何错误，平生清谨的陈其学就因为给事中张卤的一个条奏还是遭到回籍听用的处理。

而此时，内阁中正忙于争斗，大学士高拱将陈以勤、赵贞吉、李春芳、殷士儋一个个排挤出内阁，只剩下了张居正，就是他以前的政敌徐阶也没放过。最后，他也被张居正排挤走。

要知道，从隆庆初年到隆庆六年，先后入阁任大学士的共有九人，他们是徐阶、李春芳、高拱、郭朴、陈以勤、张居正、殷士儋、赵贞吉、高仪，时称“九相”。到隆庆六年六月，九人便只剩下张居正一人了。可见内阁中的争斗何等激烈。其实，由于内阁首辅与次辅、群辅之间的地位权利相差悬殊，争斗早已有之。嘉靖以来，首辅权利的取得，莫不由排挤倾轧所得。张熜陷害杨廷和、严嵩挤走翟銮诬陷夏言致死、徐阶计罢严嵩杀死其子，概莫能外。这种风气像传染病一样传到隆庆朝，愈演愈烈。

内阁没有功夫管边疆的事，边关大臣便任由言官弹劾。而当时的兵部尚书郭乾更是没有主见，并不为浴血奋战忠诚守边的大臣说话。

陈其学又一次受到不公正的待遇。

我觉得，陈其学两次回籍听勘还是和他的为人处事原则有关。言官们下来，你不靠前，也不招待，像没有那么回事似的，谁能不生气呐？在陕西有“西凤”美酒，在山西，有“杏花村汾酒”，你怎么不请巡按喝一顿，联络一下感情。一个总督，请客还要花自己的钱吗？就是自己花钱也得请客呀！陈其学60多岁了，言官们只有40多岁。你是不是觉得他们年轻，不值得搭理。好你个老陈头儿，太不给面子了，不信我就收拾不了你！于是，“儒缓”、“清谨”的理由出来了。多么堂而皇之的理由啊！简直就是“欲加之罪何患无辞”。不说言官，就是张居正也不喜欢陈其学、海瑞、朱衡这样清正耿直，认死理的老头儿哇！你们不认主流社会官场的潜规则，那就一边凉快去吧。