《明世宗实录》载，明世宗嘉靖四十五年四月（丙子），公元1566年，升总督三边右都御史郭干为南京兵部尚书参赞机务。升户部右侍郎陈其学为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史总督陕西三边军务。

这样，陈其学在五十九岁的时候又获得升迁，由户部右侍郎陕西巡抚升任兵部左侍郎都察院右佥都御史陕西三边总督（节制甘肃宁夏陕西三边，甘肃固原宁夏延绥四镇）。

据《明世宗实录》载，上任之初，嘉靖四十五年五月，兵部就复陕西总督陈其学、巡抚延绥都御史王遴条陈四事：一、添设府同知二员，列御延安驻札榆林，分管边腹城堡不预他务。二、凡总兵衙门原调尖儿手人马查照各堡尽数发回，以后将领务严行操彩，各堡自有精兵，毋得擅自调操抢兑以致单弱。其入卫游兵有逃故者，径于本军户内勾补，果系户绝亦设法召募，务充故额勿得借桃选之名徒坏军政。三、榆镇入卫之兵每营留三百人，以抵蓟镇军门，所抽选操下九百之数，仍准添募游兵二枝以济缓急。四、该镇见有总督抚按等官，遴以边政久犯，欲再遣经略大臣，恐多官事扰不如责成遴等为便。

   一个月后，陈其学再奏边防五事：一、调腹兵以补空边，二、视功次以激勇力，三、量缓急以摊军储，四、处供馈以豫冬防，五、备战马以充卫额。陈其学言到：“三边四镇，地里浩渺，兵稀粮少，戎律失弛。仍严革横派，广恤穷军，精察地形，熟演武艺，明斥堠，远哨听，诘奸慝，招投降。凡保障陕民者，罔不尽心以为之豫。”

正当陈其学招募兵马、补充缺额、严肃纪律、整顿军务之时，发生了俺答入侵的事儿。

明世宗嘉靖四十五年七月（丙辰），公元1566年，陈其学刚到任不久，就发生了套虏万余骑由延绥平山墩（陕西靖边东南）入寇事件。总兵郭琥屯兵清平堡，以虏众不敢进。虏遂分其众为二，一支奔保安、安定、安塞等县；一支径抵延安府关外。固原总兵郭江副总兵时銮等坚壁不战。三边总督陈其学辩得虏已深入，遂遣都司冯时泰等出边揭其巢，巢陷，至虏急回巢救援。之后的十月，俺答又犯固原总兵官郭江战死。再犯山西偏头关、大同，参将崔世荣战死。

十二月，嘉靖皇帝驾崩。

明朝的言官们真是厉害，他们不打仗，不种地，不做工，专门整人。陈其学就是在陕西巡按御史温如玉和兵科给事中欧阳一敬的连续奏报中被革职的。

嘉靖45年11月，陕西巡按御史温如玉报定边营被虏且及二旬尚无出塞之期，请追究文武诸臣、总督陈其学、巡抚王遴、总兵郭琥等责任。而褒恤死事总兵郭江等。

　  温如玉，郧阳城人，明嘉靖二十八年（1549）中举，嘉靖三十二年（1553）登陈谨榜进士，先出任过荆襄行人，御史衔，掌管传旨、册封、抚谕等事。之后他担任两淮盐政监察御史、苏松巡按、关中巡按、吴下巡按和山东观察副使。他位列大夫，死前是执掌一省的按事分巡察，为主管兵备、学政、海防、清军、监军等的副长官。清同治《郧县志·人物卷》对他的介绍为：“温如玉，字孟醇，号少谷，嘉靖进士，事亲以孝闻。除行人，拜御史，巡鹾浙江，按苏松、陕西，绰露丰棱，著有《延绥善后图》、《苏松赋役法》，擢山东副使卒。”温如玉死于隆庆己巳年(1569年)，时年41岁。

之后的嘉靖45年12月，兵科都给事中欧阳一敬又言陈其学儒缓，与陕西巡抚戴才俱非军旅才，宜急选才望臣代之。

欧阳一敬，字司直，彭泽人。嘉靖三十八年进士，兵科给事中，从七品。欧阳一敬由于其深厚的骂功，被人称作“骂神”，靠一封封奏疏使三品以上文武官员二十余人，并侯爵一人、伯爵两人皆罢免。弹劾过英国公张溶（张玉后代）。当时御史胡应嘉在嘉靖皇帝病危时弹劾内阁大学士高拱。嘉靖病重，奏章落到高拱手中，高拱大怒，但胡应嘉虽与高拱结仇，却依旧任官。直到隆庆年间，杨博主管京察（对官员的考核）时，一贯威风的言官却一反常态地被裁。胡应嘉在京查结束后大加弹劾杨博不裁山西人（杨博是山西人）。高拱感到有机可乘，便想把胡应嘉赶下台。然而这一举动触犯了言官们的利益，纷纷弹劾高拱，高拱一一化解。此时骂神欧阳一敬也弹劾高拱，将高拱比作宋朝大奸臣蔡京。而且还表示，如果高拱要处罚胡应嘉，那就先处罚自己。高拱请求内阁首辅徐阶处罚言官，徐阶不允。高拱的门生御史齐康站出来弹劾欧阳一敬和徐阶，但并无效果。徐阶也暗命六部官员弹劾高拱，高拱一气之下只得罢官回乡。看看言官们何等厉害，内阁何等混乱，连阁老高拱都被弹劾出局。

欧阳一敬依靠自己的口才驳倒了内阁大学士高拱，名声愈盛。然而之后徐阶退休，三年后，高拱依靠宦官陈洪和隆庆皇帝的宠信再次回到内阁，并且被授予吏部尚书的职务。吏部尚书有权调离官员，于是三年前弹劾高拱的言官大多被革职、调任或者罚俸。欧阳一敬深感压力，于是他主动辞职。然而回乡途中，欧阳一敬郁郁而死。这位“骂神”就这样结束了自己的一生。　　   

“自严嵩败，言官争发愤论事，一敬尤敢言。”在刑科任给事中时，欧阳一敬就弹劾过南京侍郎傅颐、宁夏巡抚王崇古、湖广参政太常寺少卿应槐、礼部尚书董份，至董份、应槐、傅颐罢官。之后，调任兵科给事中，弹劾广西总兵、恭顺侯吴继爵，吴继爵罢官（由俞大猷接任）。三个月后，弹劾陕西三边总督陈其学、巡抚戴才，仅凭“儒缓”一词，就至陈其学、戴才罢官。之后，相继弹劾山西总兵董一奎、浙江总兵刘显、英国公张溶、锦衣卫都督李隆等，除英国公张溶外，全部罢官。

于是，在温如玉、欧阳一敬的弹劾奏报下，皇帝下旨，请令户兵二部破格发帑银马价以极匮济急，并选举废弃将官才勇可用者。兵部复具如二臣言。

上曰地方失事重大，陈其学革任听勘，吏部急推相应者往代，毋绥，遴琥各住俸。督副总兵黄演等戴罪杀贼，废弃将官堪用者兵部具以名闻余悉如拟，于是增郭江左都督赐谥立祠，谕祭营葬具如张达例，荫一子世袭指挥佥事。发太仓银四万两，马价银二万两运赴该镇给用。已改刑部左侍郎霍冀为兵部左侍郎兼右佥都御史代陈其学；起原任巡抚宣府右佥都御史杨巍代替戴才。

一个“儒缓”竟成罪名，这样，由刑部左侍郎霍冀代替陈其学接任了陕西总督，而宣府巡抚杨巍则代替了戴才出任陕西巡抚。

公元1567年，明穆宗隆庆元年一月，陈其学六十岁时首次革任听勘。实际上，隆庆元年4月才追究嘉靖45年10月虏寇杀总兵郭江及杀千总高岚等14人的事，也才罢了陕西三边总督陈其学和陕西巡抚戴才的官，令其回籍听用。同时夺延绥巡抚王遴的奉禄；革了总兵官郭琥的职；守备高元吉等53人也纠治如律。

紧接着，陕西巡按温如玉又以虏数犯边境杀掠无数请治总督霍冀及巡抚王璘罪。霍冀刚上任就遭弹劾。兵部议，王璘已经降奉，勿论。霍冀刚接任抓紧修边，以观后效。

其实，嘉靖45年四月份，陈其学才从户部右侍郎总督南京粮储任上接到担任陕西三边总督的任命。不知道陈其学是从南京到西安上任还是从北京到西安上任，也不知道他是骑马还是坐轿子，最快也得五月到任。而上任仅仅5个月就遭到了弹劾。三边总督督的是陕西宁夏甘肃三边四镇（包括甘肃、宁夏、固原、延绥四镇），陈其学可能连自己的防区都没来得及跑一遍，连军事会议也没来得及开一次，手下的人马刀枪还不完全熟悉，手下的大将听不听喝，能不能做到令行禁止也没把握，就遭到弹劾，继而革任听勘。而在这之前的10月，陕西总督陈其学和蓟辽总督刘焘三年考满，刚刚获得升迁。那时候的通讯远没有现在发达，打个电话，发个短信就指挥了，固原离陕西总督行辕至少上千公里，一个命令没有几天根本传不过去。是陈其学得知虏深入犯边，即命令都司冯时泰出边一举捣揭其巢，才解了边关之围，言官们却视而不见。

这就是明朝的言官，他们瞪大眼睛，四处撒么。像苍蝇一样，看那个鸡蛋稍微有点缝就叮了上去。他们是攻击一点，不及其余。盯得准了，自己获得升迁；盯得不准，自己倒霉，欧阳一敬、温如玉最后不是都倒霉了吗？俺答同时还犯了山西偏头关、大同，参将崔世荣战死，言官们为什么没有弹劾王之诰？看来言官们也是有选择的参劾，似乎专拣软柿子捏。

事实上，明嘉清四十五年(1566年)七月，蒙古鞑靼部首领俺答之子辛爱率军攻明万全右卫(今河北万全)。这年七月，辛爱率重兵攻万全右卫。明廷急命宣大、蓟辽各镇调兵应援，并令大同明军于天成(今山西天镇)、阳和(今阳高)间设伏，伺机击敌。辛爱自率10万骑攻西路。明宣府总兵马芳率军赴援，与鞑靼骑兵相遇于马莲堡。相持到次日，马芳发现鞑靼军开始撤走，才率军出击，大败辛爱军。原来，辛爱军复由延绥平山墩(今陕西靖边东南)入塞，近迫延安。明固原(今属宁夏)总兵郭江率兵守御，坚壁不战。总督陈其学，侦悉辛爱兵深入明境，营垒空虚，遣都司冯时泰领兵出边袭破其营，辛爱迅即率军北归，才解了马芳之围。

陈其学是有谋略有功劳的。

据焦竑《国朝献徵录》载，“平韩府闹禄米事，缉乱而反正者，公之力也。寻升兵部左侍郎兼都察院右佥都御史总督陕西三边军务。虏大举寇花马池等处，号称二十万。公提兵御之，斩获370余人。”说的就是这一时段的事，言官的奏疏中却只字不提。