塔尔寺的活佛系统与西藏其他寺院的活佛一样，也是采用活佛转世制度的方法寻访、认定和继承的。要是一般活佛的灵童寻访工作通过打卦问卜、降神、依遗言、预示、辩认遗物等方法寻找。找到灵异儿童，又进行多方考察后报告大法台，大法台会同大僧官商议确定后批准坐床。过去塔尔寺的活佛除呼图克图外，其坐床典礼在本活佛院内举行。呼图克图一级大活佛的灵童，须经北京雍和宫掣签认定，在塔尔寺大金瓦殿内举行坐床典礼。近几年来，灵童寻访、认定、坐床等手续由各级宗教主管部门层层申报批准。坐床仪式由寺院管理委员会主持，在九间殿院内集体举行。典礼结束后，再回自己府邸，在本活佛府邸佛堂内的象征佛位的法座上接受僧俗顶礼敬献哈达。据说，在历史上，塔尔寺发展到鼎盛时期，常住寺增达到3600名，活佛共83位，形成大小80多个活佛府邸，藏语称“嘎尔哇”，汉语俗称活佛院。历经沧桑，一些活佛历辈承袭，源远流长；一些活佛由于种种原因，已销声匿迹，不复存在。到20世纪90年代，有建筑院落的只有30多个，大小活佛有10余个。