尊敬的文老师，您好！感谢您一直以来对我的帮助，我有几个问题想请教您，敬请解答。
1、
我想跟您学一下LD散点衰减图的绘制，确定不同染色体或基因组、亚群的衰减距离。总体和亚群的散点衰减图是不是只是考虑非连锁的标记，那不在同一染色体上标记间遗传距离如何确定呢？
确定某一染色体上的话是不是以两两标记间的遗传距离做横坐标，以它们的r2做纵坐标来作图，然后以总体的基线r2划线，找到对应的遗传距离？怎么绘制它们之间的拟合曲线呢？
2、
在LD计算时，常计算不同亚群不同染色体和同一染色体上的LD，如果是A亚群同一染色体上的LD是不是要计算A亚群材料分别在1A、1B、1D、2A等染色体上的LD看有多少对LD及显著的LD多少，然后将结果汇总起来？如果是A亚群不同染色体上的LD，是不是要计算A亚群材料在不连锁标记（用于群体结构分析时所选的标记）上的LD？确定r2平均值的时候是不是所有的都考虑在内，而不只是的显著的LD？
祝好！
于??
我的回复：
于？？
你好，
（1）“总体和亚群的散点衰减图是不是只是考虑非连锁的标记”，应该说只考虑在同一连锁群上的标记，不同连锁群上的标记遗传距离无从知晓，“...是不是以两两标记间的遗传距离做横坐标...”基本就是这样做的，拟合曲线可以用SPSS软件、DPS或SAS等软件的回归分析选项来做（如果是SNP数据，TASSEL软件的chart功能可以解决）
（2）你第二个问题看的我有点晕，不过我好像明白你的意思。如果你是把“全数据”录入TASSEL软件计算，那么它是不管三七二十一的，会把所有可能位点组合全算出来，关键是你要把你想要的挑出来，比如你想把共线的或非共线的分开，把不同染色体上的分出来，那就需要耐心与智慧，一般要把总LD表导出后，在excel软件里使用高级筛选功能，设定特定的筛选条件来完成。还有一种方法可能就是你说的，根据想要的结果把原始数据分解开，一个连锁群一个连锁群的算，最后再汇总，这样的得到的都是共线标记LD情况。“不连锁标记（用于群体结构分析时所选的标记）上的LD”只要把对应的原始数据挑出来，单算一次就OK了。
（3）作图时只要显著或极显著的R2值。
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