人工湿地一般都由以下五种结构单元构成：底部的防渗层；由填料、土壤和植物根系组成的基质层；湿地植物的落叶及微生物尸体等组成的腐质层；水体层和湿地植物（主要是根生挺水植物）。

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人工湿地的组成部分

水生植物：首先，植物可以有效地消除短流现象；其次，植物的根系可以维持潜流型湿地中良好的水力疏导性，使湿地的运行寿命延长；第三，通过其中微生物的分解和合成代谢作用，能有效地去除污水中有机污染物和营养物质，第四，水生植物能够将氧气输送到根系，使植物根系附近有氧气存在，通过硝化，反硝化，积累，降解，络合，吸附等作用而显著增加去除率。第五，致密的植物可以在冬季寒冷季节起到保温作用，减缓湿地处理效率的下降。

基质层：基质层是人工湿地的核心。基质颗粒的粒径、矿质成分等直接影响着污水处理的效果。目前人工湿地系统可用的基质主要有土壤、碎石、砾石、煤块、细沙、粗砂、煤渣，多孔介质（LECA）、硅灰石和工业废物中的一种或几种组合的混合物。基质一方面为植物和微生物生长提供介质，另一方面通过沉积，过滤和吸附等作用直接去除污染物。

防渗层：防渗层是为了防止未经处理的污水通过渗透作用污染地下含水层而铺设的一层透水性差的物质。如果现场的土壤和黏土能够提供足够的防渗能力，那么压实这些土壤作湿地的衬里已经足够。

腐质层：腐质层中主要物质就是湿地植物落叶、枯枝、微生物及其他小动物的尸体。成熟的人工湿地可以形成致密的腐质层。

水体层：水体在表面流动的过程就是污染物进行生物降解的过程，水体层的存在提供了鱼、虾、蟹等水生动物和水禽等的栖息场所。