1、原核生物RNA聚合酶（Prokaryotic RNA Polymerase）：原核RNA聚合酶由六个亚基（α2ββ'ωσ）构成，其全酶可分为核心酶和σ因子两部分（图，表）。

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图　原核生物RNA聚合酶的组成
Fig 　Composition of Prokaryotic RNA Polymerase

表　 大肠杆菌RNA聚合酶的亚基组成与功能
Table 　The Subunits and Their Functions of RNA Polymerase in E. coli

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2、 真核生物RNA聚合酶（Eukaryotic RNA Polymerases）

        真核生物的三种RNA聚合酶均是由多亚基构成的寡聚酶，其亚细胞定位，对α-鹅膏蕈碱的敏感性及催化活性均不同（表，图）。

表　真核生物RNA聚合酶
Table　Eukaryotic RNA Polymerases

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图　真核生物RNA聚合酶Ⅱ-DNA-RNA复合物
Fig 　 Eukaryotic RNA Polymerase Ⅱ-DNA-RNA Complex

        真核生物RNAP Ⅱ最大亚基的分子结构具有其独特的羧基末端结构域（carboxyl terminal domain, CTD），该结构域由7个氨基酸残基（Y-S-P-T-S-P-S）的重复序列（26~52次）所构成。已知存在不同的CTD激酶（kin28，Ctk1），分别催化其S2或S5的磷酸化修饰。这些CTD激酶的活性改变均与细胞周期素浓度改变相关。

        真核RNAP Ⅱ的CTD结构不仅是转录和转录体加工类复合物装配的平台；其不同位点的磷酸化/去磷酸化修饰，对转录的起始、延伸、终止及转录体加工均具有重要的调节作用。