与原核生物比较，真核生物的基因组更为复杂，可列举如下。

▲真核基因组比原核基因组大得多，多复制起始点，多基因家族，超基因家族。大肠杆菌基因组约4×106bp，哺乳类基因组在109bp数量级，比细菌大千倍；大肠杆菌约有4000个基因，人则约有10万个基因。

▲真核生物主要的遗传物质与组蛋白等构成染色质，被包裹在核膜内，核外还有遗传成分(如线粒体DNA等)，这就增加了基因表达调控的层次和复杂性。

▲原核生物的基因组基本上是单倍体，而真核基因组体细胞是二倍体。

▲如前所述，细菌多数基因按功能相关成串排列，组成操纵子的基因表达调控的单元，共同开启或关闭，转录出多顺反子(polycistron)的mRNA；真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA，即mRNA是单顺反子(monocistron)，基本上没有操纵元的结构，真核细胞的许多活性蛋白是由相同和不同的多肽形成的亚基构成的，这就涉及到多个基因协调表达的问题，真核生物基因协调表达要比原核生物复杂得多。

　　单顺反子mRNA：一个mRNA仅包含一种蛋白质的编码信息，即只含有一个开放可读框（ORF），这种mRNA称为单顺反子mRNA；真核生物mRNA通常是这种情况。
　　多顺反子mRNA：一个mRNA包含多个蛋白质的编码信息，即包含多个个开放可读框（ORF），这种mRNA称为多顺反子mRNA；这些蛋白质通常具有同一种相关的功能，并且成组的被一个操纵子（operon）所调控；原核生物mRNA通常是这种情况。

▲原核基因组的大部分序列都为基因编码，而核酸杂交等实验表明：哺乳类基因组中仅约10%的序列为蛋白质、rRNA、tRNA等编码，非编码序列占基因组的90%以上。

       真核基因编码与非编码区图解http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b07ffbc01016r71.html

▲原核生物的基因为蛋白质编码的序列绝大多数是连续的，而真核生物为蛋白质编码的基因绝大多数是不连续的，即有外显子(exon)和内含子(intron)，转录后需经剪接(splicing)去除内含子，才能翻译获得完整的蛋白质，这就增加了基因表达调控的环节。

▲原核基因组中除rRNA、tRNA基因有多个拷贝外，重复序列不多。哺乳动物基因组中则存在大量重复序列(repetitive sequences)。用复性动力学等实验表明有三类重复序列：

1、高度重复序列(highly repetitive sequences)：基因组中有数千个到几百万个拷贝的DNA序列。这类序列一般较短，长10－300bp，占基因组DNA序列总量的10－60%，人的基因组中这类序列约占20%，功能还不明了。高度重复顺序又按其结构特点分为三种：http://baike.baidu.com/view/3874641.htm

（1）倒位（反向）重复序列

（2）卫星DNA

（3）较复杂的重复单位组成的重复顺序

高度重复顺序的功能：
　　a.参与复制水平的调节反向序列常存在于DNA复制起点区的附近。另外，许多反向重复序列是一些蛋白质（包括酶）和DNA的结合位点。
　　b.参与基因表达的调控DNA的重复顺序可以转录到核内不均一RNA分子中，而有些反向重复顺序可以形成发夹结构，这对稳定RNA分子，免遭分解有重要作用.
　　c.参与转位作用几乎所有转位因子的末端都包括反向重复顺序，长度由几个bp到1400bp。由于这种顺序可以形成回文结构，因此在转位作用中即能连接非同源的基因，又可以被参与转位的特异酶所识别。
　　d.与进化有关不同种属的高度重复顺序的核苷酸序列不同，具有种属特异性，但相近种属又有相似性。如人的α卫星DNA长度仅差1个碱基（前者为171bp，后者为172bp），而且碱基序列有65％是相同的，这表明它们来自共同的祖先。在进化中某些特殊区段保守的，而其他区域的碱基序列则累积着变化。
　　e.同一种属中不同个体的高度重复顺序的重复次数不一样，这可以作为每一个体的特征，即DNA指纹。
　　f.α卫星DNA成簇的分布在染色体着丝粒附近，可能与染色体减数分裂时染色体配对有关，即同源染色体之间的联会可能依赖于具有染色体专一性的特定卫星DNA顺序。

2、中度重复序列(moderately repetitive sequences)，这类序列多数长100－500bp，重复101－105次，占基因组10-40%。例如哺乳类中含量最多的一种称为Alu的序列，长约300bp，在哺乳类不同种属间相似，在基因组中重复3-×105次，在人的基因组中约占7%，功能也还不很清楚。在人的基因组中18S/28SrRNA基因重复280次，5SrRNA基因重复2000次，tRNA基因重复1300次，5种组蛋白的基因串连成簇重复30-40次，这些基因都可归入中度重复序列范围。依据重复顺序的长度，中度重复顺序可分为两种类型：

（1）短分散片段（short interspersed repeated segments, SINES）

（2）长分散片段（Long interspersed repeated segments, LINES）

http://www.5ibio.com/html/jibenshiyanjishu/shengwumingci/20070208/4640.html

3、单拷贝序列(single copy sequences)。在整个基因组中只出现一次或少数几次的序列（也称为单拷贝基因），占哺乳类基因组的50-80%，在小鼠中约占基因组的70%，在人基因组中约占65%。实验证明，所有真核生物染色体可能均含重复序列，而原核生物一般只含单一序列。高度和中度重复序列的含量随真核生物物种的不同而变化。绝大多数真核生物为蛋白质编码的基因在单倍体基因组中都不重复，是单拷贝的基因。

从上述可见真核基因组比原核基因组复杂得多，至今人类对真核基因组的认识还很有限，使现在国际上制订的人基因组研究计划(human gene project)完成，绘出人全部基因的染色体定位图，测出人基因组109bp全部DNA序列后，要搞清楚人全部基因的功能及其相互关系，特别是要明了基因表达调控的全部规律，还需要经历很长期艰巨的研究过程。