小昭寺始建于唐代，与大昭寺同期建成，7世纪中叶由文成公主督饬藏汉族工匠建造。是深受我族人民敬仰的一座古寺。初建时仿汉唐格式，崇楼峻阁，金碧辉煌，极为精美壮观．后经数度火焚与修复，该寺建筑坐西朝东。建筑物朝向东方，据传是文成公主悲思汉唐之故，入蕃时从内地召来建筑师修建的。现存的小昭寺为晚期作品，是黄教格鲁派上密院的修法之地。