初学perl语言，看了好几章入门的书籍，最后感觉提取文本矩阵的某些行或者列还是比较有用的，下面是两个具体的命令，欢迎大家一起交流！

第一：提取含有某个关键字的行：

#!/usr/bin/perl

open FILE, "E:/SNP.txt ";
open OUT1,'+>E:/file3.txt';

foreach (<FILE>) {
@pairs=split(/ /, $_);
$count=@pairs;

if($pairs[$count-1] =~ m/^reference$/)
{
  print OUT1 $_,"\n";
}
}
close(FILE);
close(OUT1);

第二：提取指定的某些列（提取1 2 3 5列）：

#!/usr/bin/perl  

open(INFILE, "E:/file3.txt");
open(OUTFILE, ">E:/file4.txt")|| die "Cannot open the newfile: $!\n";;

while (<INFILE>) {
        @a = split(" ");
        print OUTFILE "$a[0]\t $a[1]\t $a[2]\t $a[4]\n";
}
exit;

第三：去掉文本中有空行的命令：

#!/usr/bin/perl

open(INFILE, "E:/file3.txt");
open(OUTFILE, ">E:/file4.txt")|| die "Cannot open the newfile: $!\n";;

while (<INFILE>) {
       if (!/^$/){
        print OUTFILE "$_";}
}
exit;

第四：自己编写的提取文本中含有某个关键字的命令（感觉比较实用）：

#!/usr/bin/perl

open FILE, "E:/chr_2.txt ";
open OUT1,'+>E:/chr_2_refference.txt';

foreach (<FILE>) {

if(/reference$/)
{
  print OUT1 $_,"\n";
}
}
close(FILE);
close(OUT1);

第五：提取文本中非字符行的命令：

#!/usr/bin/perl

open(INFILE, "E:/最后得到的SNP/chr_X.txt");
open(OUTFILE, ">E:/去掉LOC以后得到的最后SNP/chr_X.txt")|| die "Cannot open the newfile: $!\n";;

while (<INFILE>) {
       if (!/[A-Za-z]/){
        print OUTFILE "$_";}
}
exit;